光復初期，花蓮市及其近郊，唯獨民國前五年（1907年）所設「花蓮港基督長老教會」一所。鑒於座位已呈飽和，且以居民幾佔全市人口泰半的原東線鐵路以南地區，幅員遼闊，非但信徒聚會崇拜及彼此聯繫諸多不便，且未信者眾，極待廣傳福音。故有在此廣大社區籌設教會之議。嗣經本教會設教元老：卓連義長老、賴彌梯長老等，不畏艱辛，四處奔波踏勘，尋尋覓覓，經多次與卓恆利牧師、卓萬芳長老蹉商、研擬及懇切禱告；遂在民國39年（1950年）以新台幣七仟元權利金，毅然選定光復前由日籍僧侶主持之稻荷神社遺址（南京街、信義街交界口，今址。）目前庭院尚留有民國十六年所立石燈乙座），以原有殘破木造管理員宿舍鳩工修繕，改建權充聖殿，塔樓高聳，十字架豎立其上，聖光四射。

　　教會既設，首聘玉山聖經書院（今玉山神學院前身）院長溫榮春牧師無薪兼牧，迨民國40年9月溫牧師應聘台東教會。改聘巡迴山地教會之卓恆利牧師為囑託牧師，同年獲准昇格為堂會。民國41年1月13日袁鄒富來牧師遠從北縣三峽教會受聘來會，是為首任牧師，及至民國61年7月31日，袁牧師離會赴北市金陸教會，結果在本教會長達20年5十八天牧會。61年8月1日劉特清傳道師到任，翌年7月31日離會。民國62年8月1日李八郎傳道師到任，翌年7月31日離會。民國63年8月11日第二任牧師池漢鑾牧師到任，民國78年7月31日為本會第三任暨主任牧師，黃勇男牧師同日到任則為傳道牧師派駐南埔教會，以迄於今均在任中。

　　近半世紀來，本教會後設立及輔導教（支）會三所：其一民國44年10月設立慶豐教會。其二民國64年4月6日為壽豐教會。其三民國76年9月27日設南埔教會（民國77年5月22日聘陳主生牧師牧會，同年10月30日離會）。藉此撒播福音種子，引領未信者，就近及早歸主。

　　初創時期木造殿堂，詎料?於民國47年8月15日溫妮強烈颱風。適逢暑假，初打通幼稚園三間教室隔門，9月開學改易當?托兒所二樓休憩室（今牧師館），暫充禮拜聚會場所，以度困境。並即成立新堂籌建委員會，蒙神宏恩，眾信徒同心協力及鄰會關懷；今日宏偉壯觀的磚牆、木樑、紅瓦的聖殿得於民國48年9月23日竣工，並隆重舉行獻堂感恩禮拜。其後，民國67年進行修繕，改三夾板天花皮為檜木，地板全面磨石子及講台改善。民國69年2月撤換傳統長條黑椅，改易新穎實用，褐黃色，今日所用西式長板椅，至此崇拜良所，益顯莊嚴肅穆。

　　回顧教會初創時期，週遭環境複雜，特種營業林立，社區民眾大半均為異教徒。蒙神旨意和祝福，47年來屹立此處，不憾不動。聚會人數由初代二十餘人，遞增至今已逾百人。另有主日學、青少年團契、女宣、夫婦團契、松年會與聖歌隊等之組成，信徒靈命更為健壯與更深一層聯誼，充分顯示主內一家。其間並於民國69年4月27日與日本板橋教會、韓國鍾岩教會締結為三個姐妹教會(此為台灣教會史上第一個結盟為國際間的姐妹教會)，參與亞洲宣教使命，藉之加強國民外交。

　　民國70年3月購置教會東北鄰一棟木造二樓房舍及25坪土地，以擴充教會活動空間。及至民國85年將之拆除改建為目前為二樓綜合活動中心；分置教會辦公室、會議室、圖書室、幼稚園教室等多元化應用，於翌年1月5日舉行竣工奉獻禮拜。本教會47年來孕育近二十名青年攻讀神學，獻身神職。同時為發揚基督大愛，鼓勵信徒之子弟勤奮向學，信仰虔誠，熱心事主，使之成為五育兼優青少年，民國84年長執會通過「信義教會獎學金辦法」，實施以來，成效良好。

　　「走過從前，迎向美景」，凡我信義教會全體長執與信徒，務必牽手，心連心與牧者莊武男牧師，在神的引領看顧下，攜手無間，效法與步?初代牧長、信徒的拓荒精神和腳蹤，為奮興教會日漸茁壯而邁力，深信藉著神奇妙的大能，以及他美好的旨意，必將興旺屬神的信義教會和福音傳揚，願一切作為都能榮耀主名。