木柵山上指南里有一位信徒叫張迺鴻,務農種茶為生,在當地很有名望,曾當過保正。有一次途經新店屈尺甲亭埔橋附近,適逢馬偕博士在佈道說:「凡勞苦擔重擔的人,可以到我這裡來,我就使你們得安息。」(馬太十一:28)。他就停下聽道,而信耶穌基督,每主日帶其妻到新店教會禮拜,同時帶領張進來、張迺炰、張臻等人信主。後來張迺鴻亦被選為新店教會的長老,因到新店禮拜相當遠,乃在木柵指南里渡船頭(政治大學杜母墓附近)租房子作為佈道所,這是木柵教會的設立(屬新店支會)。後來在1897年張迺鴻長老到木柵的開元街(現址)以自己三十元及其他人捐獻購地,張迺省、張海水、張坤、張三旗、張榜等九戶,葉金木牧師即來牧養,約二年即離開,於1901年復任。1962年9月與新興教會合併,改名為文山教會。1971年9月27日封立陳文福牧師首任牧師。1972年陳文福牧師赴美深造,中會傳道部於1973年1月1日派陳勝三傳道來本會牧養。1973年12月2日封立陳勝三牧師為第二牧師迄今。1988年10月份設萬芳教會。
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