1872年3月9日加拿大青年偕理(THE REV.GEORGE LESLIE MACKAY)在淡水開始醫療傳道。據他的日記：「於1873年2月底他和門徒到艋舺、大稻埕、八芝蘭(士林)去佈道」八芝蘭是番語名。三百餘年前荷蘭及西班牙佔據台灣時是番人居住地方，然後漢人從大陸愈來愈多，他們中間產生許多讀書人、秀才、舉人所以改名為「士林」。據1879年3月19日的日記記載：「往內湖、北勢湖、劍潭、八芝蘭傳道理。」於1893年3月9日八芝蘭教會(士林教會)終於成立了。禮拜堂是租用的，當時獻堂典禮情形，據馬偕牧師的日記如下：今天我到淡水來已經廿一年之久了，牛津學堂（淡水砲台埔北部神學院）和女子學堂（淡江中學女子部）的學生及宣教師吳威廉牧師、本地人嚴清華牧師、陳火牧師（陳榮輝）、傳道師：吳寬裕、蕭田、葉順、柯玖（維思）和我的家族等搭煤煙船去八芝蘭。附近的教會信徒也來參加禮拜堂奉獻典禮很熱鬧，放鞭炮，打鎗（放禮炮）共700人參加。

　　然而在1907年北部中會記載新設士林教會屬大稻埕教會，這十四年間教會衰微而中斷等事情不清楚。1910年屬崙仔頂(現在三角埔)教會支會。1918年屬台北市雙連教會支會。宜至1950年12月昇格為堂會，至此教勢持續增長。1946年8月15日陳惠南先生被派駐本堂牧會，1951年3月5日在士林大北路三十四號禮拜堂封牧就任為首任牧師。並於1987年退休，前後牧會士林達四十二年之久。

　　教會禮拜堂最初的地址不詳，但後來的地點據所知，是在大西路、小西街、大北路三移四遷到現在中正路教會地址，前是在大北路卅四號。在此期間，1955年購地200坪及謝國諭先生奉獻１００坪共300坪為建堂基地，又於1956年破土建造禮拜堂，1958年4月6日舉行新堂奉獻禮拜。1962年再購禮拜堂對面之地皮185坪，1969年6月1日興建教育館落成，同年9月開辦士林教會附設幼兒中心，同時積極關心大專學生之福音事工，而成立學生中心宿舍。1970年6月27日興建牧師館。

　　1971年10月10日開設石牌教會。1980年3月9日開設士東教會(1979年屋)，1975年整建副堂，1976年11月士林教會附設幼兒中心獲台北市教育局審核立案命名為「幼心幼稚園」，1979年停辦學生中心，並於1989年正式與北區大專事工委員會廢除契約關係，1990年增建活動中心，由上述可知教會之簡史，而這段近百年之歷史中，歷任傳教者有：吳寬裕先生、郭珠記先生（郭阿知長老令尊）、呂阿加先生、張槌先生、石安慎先生、陳榮宗先生、黃光宗先生、林再添先生、吳廷芳先生、神學生詹德建先生（詹懷德女士令尊）、黃切先生、黃六點先生、陳春邦先生、郭先琴先生、吳清鎰先生（前台灣神學院教授）、陳泗治先生（前淡江中學校長），等十九位牧者，自1987年陳惠南牧師退任後，教會有三年中處無牧者狀態中，然上帝親自牧養帶領，直至1990年9月2日林增坤牧師就任本會第二任牧師至今。