母會淡水基督長老教會眼見於淡海新市鎮完成建設時，能容納二十萬以上的居民；應對這麼大的福音禾場，遂於2001年2月17日小會議決成立淡海地區事工開拓小組，委派蔡作傳長老、李鈞祥長老、潘丞斌長老、高主傳執事、張國麟執事、袁福崎執事、陳龍彥 弟兄等問拓。
2001年4月30日起於週間舉辦社區才藝班，吸引不少社區的大人小孩來參加。同年，6月24日舉行第一次主日禮拜及兒童主日學。8月12日在沙崙路131巷9號，正式成立「淡海福音中心」，並舉行感恩禮拜。
在開拓的初期，除了固定的社區才藝班，也常常舉辦福音性聯誼會、野外佈道和專題講座。開拓教會艱辛的時期，有賴上帝的保守及眾同工積極的投入服事，讓教勢漸趨穩定。2002年3月起淡海福音中心開始申請神學生，陸續有錢憶華同學、黃志宏同學、陳義明同學及盧洲國同學協助淡海福音中心的社區兒童事工、查經班、兒童主日學及探訪，並在淡水教會輔導青少年團契及青少年主日學教學。
2005年1月9日淡海福音中心正式成為淡水教會的文會，更名為「淡海長老教會」；7 月1日已退休姚昭雄牧師受邀成為淡海教會的囑託牧師，帶領全體同工向前瞻望，並以興建禮拜堂為重要計劃，提昇眾會友的信心。
2006年2月因房屋租約到期，淡海教會搬遷至承租的會堂（沙崙路181巷30號）。
2007年6月17日選出第一屆長執，教會的發展已其備長老會的組織。並於2007年11月購買淡水鎮仁愛段三十九地號（總金額新台幣9,552,780元整），並展開建堂的籌備與規劃。
2008年1月陳義明傳道師由母會受派擔任淡海教會的牧養事工。同年4月7日台北中會議會正式接納淡海教會昇格為堂會。2008年10月因租約到期，再一次經歷搬遷至沙崙 路131巷7弄11號；2009年7月陳義明傳道順應呼召前往總會擔任資訊部主任。教會牧者懸宕期間，長執與同工同心合力肩擔起教會一切事工，使所有圍契與社區活動得以持續進行。經過5個月的禱告，在神的話意下尋得一位合神心意牧者，於2009年11月接洽曾牧會於國姓教會正值由台北七星中會信義教會退任的陳相輔牧師，於2009年11月29日教會舉行臨時和會中全數通過陳相輔牧師聘牧案。2010年元月陳牧師開始任職，於2010 年3月舉行首任牧師授職感恩禮拜，積極籌畫建堂事工，於2010年12月決議於所購買的仁愛段39地號開工興建，且於2013年初完工。陳牧師於2013年7月31日離任，成謝他帶領長執完成建堂大工，為淡海教會立下美好服事典範，願上帝紀念。
10月6日教會全體會友出動，一同將所有物品搬至新禮拜堂，並於10月13日開始第一次主日崇拜。11月3日通過臨時會員和合監選，正式聘任黃明中傳道師為淡海教會的第二任牧師，於12月29日舉行獻堂暨封牧感恩禮拜。
新的事工將開始運作，期望新教堂能成為我們淡海教會弟兄姊妹得造就靈性成長的基地，也是淡海社區宣教的基地，願上帝祝福淡海教會，為淡海社區帶來祝福。阿們！
