梅山教會始於1950年邱欽漢醫師住宅（如松診所）家庭禮拜。當時，每星期五由大林教會鍾子時牧師來主領聚會。1951年邱醫師向台南神學院申請神學生陳希信、黃純慰、陳美容、戴忠德、邱以正等來幫扶暑期夏季學校。1953年開始成立佈道所。1955年5月16日敦請黃智寬先生為梅山教會第一任傳道師。1956年11月27日邱欽漢長老捐獻一塊338坪土地，做為建設聖殿之用途。1958年4月28日聖殿建築峻工。1959年1月8日昇格堂會。1973年5月6日主恩儲蓄互助社成立。1974年9月6日開設梅花幼稚園。1975年6月21日梅山教會子女獎學基金會成立，由邱欽漢、蔡秀枝兩位長老奉獻台幣一拾萬元做為基金。1981年9月興建綜合大樓（禮拜堂、牧師館、教育館），分三期進行，至1991年全部峻工。
