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在一九二七年，八掌溪南端之台南縣後壁鄉偏僻農村白沙屯，有村民李萬府先生和呂子壁先生等，因病至台南新樓醫院就醫痊癒而歸主，並將基督的信仰帶回鄉里，引領許多人信主。當時因村裏沒有教會，每逢主日都得長途跋涉到鹽水教會參加禮拜，若遇雨天八掌溪溪水暴漲，就不便出門涉水去參加禮拜。為解決上述問題，便向鹽水堂會磋商，在菁寮村分設佈道所，從事開拓佈道事宜。當時鹽水堂會認為人才不足未能允許，後來李萬府先生等諸信徒與在菁寮開設醫院的阮受先生商議，決定租用菁寮衙門旁之黃國俐先生的住宅為聚會所。一九三二年經嘉義中會同意為中會直轄支會，並派兵明妥先生為本支會之首任傳道師牧養羊群。
一九三七年本會信徒阮受先生，奉獻菁寮村三九號之土地為建堂用地，聖殿於同年建設完成，並舉行聖殿獻堂禮拜。由於教勢日進，一九四五年從事第二次建堂工作，並於同年完成。一九五一年經中會接納烏，正式升格為堂會。一九六一年與白河教會共同開設後壁教會。一九六二年決議重建聖殿，但因土地分割的問題而耽擱，於一九七三年才重建完成，同年八月廿二日舉行獻堂及設教四一週年感恩禮拜。一九八二年設立菁寮幼稚園，一九九一年完成兩層之鋼鐵架構的教育館，作為幼稚園教室。
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