"溯自一九二五年,本地(彌陀)人吳硯先生,因病就醫於台南新樓基督教醫院,在其病癒之後,隨即接受了耶穌基督的救恩,而成為彌陀地區第一粒的福音種籽。 在該時期,彌陀鄉境尚無教會。因此,吳硯先生每主日皆徒步前往岡山長老教會參與主日崇拜及事奉,如此數年如一日。信主之後,他秉著『竭力傳揚基督救恩』以及『愛人如己』的美好見證,因而引領了許多鄰舍、鄉親接受了基督的福音。"
一九四八年,有梓官、岡山出身的蘇水生先生、廖恩愛姊妹以及台南方面的愛主兄姊們,陸續來到本地區傳揚福音,因此慕道友也就逐年增長,隨即開設了佈道所。
一九五二年,適逢台灣基督長老教會的『倍加運動』正如火如荼地在全台各地推動。因此,吳硯長老乃向岡山教會提議開設『彌陀P.K.U教會』。該提議承蒙接納,因此,在同年的三月選派了邱天登牧師與吳硯長老前來本地展開籌設教會的工作。與此同時,此地浸信會佈道所之負責人─蘇水生先生,因病而無法繼續擔負佈道所的工作,於是,吳硯長老就受派與其磋商,最後終於接納了其所開拓的『浸信會佈道所』,並更名為『岡山長老教會彌陀佈道所』。於是在一九五五年六月廿一日成立支會,並隸屬於岡山長老教會。
一九五七年十月下旬,著手動工興建聖殿,翌年二月下旬竣工。
一九六○年六月升格為堂會,同年八月開始籌備興建牧師館,翌年六月竣工。
一九六二年十一月十一日再分設文安支會(P.K.U教會),分出之會友約30戶。
一九八一年七月聖殿重建,翌年六月竣工。
一九八九年,教會完成增購土地(約60坪)、辦理土地分割登記、土地重新規劃、聖殿建師館等工作,於一九九一年十一月十一日舉行聖殿整建暨牧師館重建竣工之感恩禮拜。
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