1938 年， 余連生(kacawi Pay) 因於得了嚴重的怪病，雖然經過了長期的治療，也請了巫師及乩童救治，病情並沒有好轉。當時鄉下的醫療設備簡陋，無法醫治；因此其家人將余先生帶往台北馬偕醫院治療。余先生在醫院期間，病情日趨惡化，他想著與其在死亡邊緣徘徊掙扎著，不如提早結束這苦難的人生。有一天，他在無意中聽見從遠處傳來讚美的歌聲，原來是探訪的人們一間又一間，一床又一床地為病人歌唱，按手禱告，同時祝福病人早日康復。那些人的微笑與歌聲，給余先生留下美好的回憶。
余先生跟那些人接觸後，得知他們是一群信奉基督的信徒。他們到各個病床傳揚上帝的道，替病人按手禱告，分享上帝的恩典，來榮神益人。這群人一次又一次的探訪，終於讓余先生由慕道，進而接受耶穌作他個人的救主。余生先病好之後，由台北返鄉，他愉快地回家，但家人覺得不可思議，在悲喜交集之中不敢開門。原來前後有六年之久的時間，家人 全無他的音訊。家人早已把余先生當作失蹤的人看待。余先生將這六年所遭遇艱苦的日子，一五一十地敘述，讓家人分享到上帝的恩典，以及他在基督裡的喜樂和盼望。同時他也藉著所帶回的聖經讚美詩及圖片，一一地講解福音給他們聽。他學習那些探訪病房的牧師的角色，充滿信心與歡喜地傳講主耶穌是唯一的救主，是人類唯一的盼望。當時雖適逢戰爭，空襲之聲不絕於耳，卻阻止不了他畢生的宏願：傳揚上帝的愛，分享得救的經驗。
余先生的家人聽到他的見證之後，全家歸主，把家中祭拜的祖先牌位和神祇，加以焚燒。這個消息傳到鄰居和親友的耳中，大家都覺得很驚訝。但是相信、接受福音的人少之又少。因為日本政府對基督教的限制，以及太巴塱部落祭拜祖先與巫師的習慣非常盛行，福音的傳播受到阻礙。然而，余先生不畏艱難地播下福音的種子。加上在太巴塱部落裡一位從事醫療工作的日本人，暗地裡提供聚會的場所，於是有了一點點的成果。當時分別有高靜蘭、高銀妹，及鄭建成等人接受了福音，成為初熟的果子。二、茅草禮拜堂1945 年，二次世界大戰結束，日本投降。
被徵調到南洋戰區服役的曾義清先生與在花蓮準備調往戰區的吳清雲先生相繼回鄉。曾先生在香港一處戰俘集中營裡接受了英國一位軍中牧師的洗禮，而吳先生也在軍中聽過有關耶穌的事蹟。他們各自學習初代教會的模式，在家中存著歡喜誠實的心敬拜上帝。由於日本的戰敗，許多宗教上的限制都消失了，福音因而迅速地傳開，福音的火苗燃燒著整個部落。分別在信徒家庭禮拜的聚會場所，都無法容納參與禮拜的人。因此，余連生、曾義清、吳清雲等人協議，經大家討論，決定要共同搭建一座茅草屋的禮拜堂。當時，由鄭建成先生提供建地（即太巴塱教會的前身），信徒們提供建材，如茅草、木頭、竹子及其他建材。1946 年，茅草屋的禮拜堂搭建完成。然而，每一次遇到颱風的侵襲，教會就面臨漏雨與倒塌的情景，因此信徒們認為建造一座鋼筋水泥的禮拜堂，實為當務之急。
這時，信徒對於信仰的追求與聖經的認識有了更深的了解，聖經的教訓成為信徒們生活的規範，他們摒除許多迷信與生活惡習，甚至對於部落裡每年舉行的豐年祭活動，信徒們也堅持不參加、不繳會費。這使得村、鄰長感到無奈，因此部落大會要求教會代表說明其理由，當時余連生、吳清雲、林聰明等人站在節慶祭典會場中央，陳述信仰。經過一番商議、協調之後，地方上的耆老體諒基督徒的處境，從此不再要求基督徒參與豐年節慶、祭典的活動。
1954 年，王玉信傳道師到太巴塱擔任傳道工作，並受封立成為太巴塱教會第一任牧師。當時，禮拜堂因不敷使用，教會決定把原址（太巴塱教會前身）建地賣給一位王弟兄，並將所得的款項購買新址（即太巴塱教會現址），開始建造五十坪的水泥禮拜堂。
為了開源節流，教會決定幾項辦法：(1) 種植（Haka）植物，(2) 種落花生，(3) 種梧桐樹，(4) 砍造林之雜草，(5) 種地瓜養豬等。以上所得作為教會的建堂基金。隨後，教會開始動工，希望建造一座鋼筋水泥的禮拜堂。然而，因工程費過於龐大，建築工程停擺多年。王牧師又在此時期轉赴新職，太巴塱教會似乎進入一個無牧者的黑暗期，教會成為過路人的笑柄。
1963 年2 月13 日，教會聘吳清雲傳道師回鄉牧會。這時，太巴塱部落遭受嚴重乾旱，許多農作物不能收成，有些信徒為了尋找工作，紛紛離鄉背井到中、南、北部謀生，有的遷居到其他鄉鎮。這個時期，教會在信仰上和物質上面臨極大的挑戰。
後來，經過信徒大會的議決： ( 一) 在颱風過後，撿拾漂流木作建材之用。( 二) 把信徒分組，每一戶信徒每半年奉獻：(A) 組2，000 元、(B) 組1，000 元、(C) 組 500 元。(三) 各種聚會一律要奉獻。信徒都樂於接受，對教會事工也踴躍參與。
1965 年8 月11 日吳清雲牧師封牧，成為本會第二任牧師。教會開工多年的禮拜堂，在吳牧師的帶領下，終於完工，並於1969 年12月23 日舉行獻堂典禮。教會信徒不斷增加，由原來31 戶激增至50 戶，1977 年，禮拜堂又不敷使用，乃進行第二階段的建堂計劃，即增建二樓。此一工程次年即告完竣，信徒激增至70 餘戶。
隨後，本會對主的聖工有更大更美的夢，於是在經過多方討論後，長執信徒的一致認同，於1996 年3 月1 日開工建設三層樓的教育館；第一層行政辦公室、兒童主日學教室，第二層牧師館、第三層主日學、青少年教室，讓主的愛在社區中發揚光大。1999 年4 月6 日舉行落成感恩禮拜，感謝主！讓我們在短短的三年時間裏，很順利地完成教育館的建設。特別感謝主的是，在多方討論後，本會於2007 年9 月2 日，教會購買對面L 型之房子，因它位於本村的市區中心，設為本會的招待所，並取名「嗨嘿哇招徒所」。2010 年1 月18 日完峻，同時成立『花蓮縣光復鄉嗨嘿哇社區全人關?協會』。此協會之目的：為加強學生課輔及關懷獨居老人免於孤寂與生活危難。功能：提供良好課後的讀書及環境。目標：協助孩子克服其學習困難，藉由團體互動讓孩子學習人際相處；在社區老人方面，促進老人的交流互動提升活動品質。
感謝上帝的鴻恩，本會從創設迄今已有57年的時光，回首往事，殊覺得主恩浩瀚。對於太巴塱教會而言，教會的歷史是一篇不斷更新與成長的歷史，雖然，這一段路程走得並不是一帆風順，但，我們終究帶著主的愛一路走過來了。每一段奮鬥歷程中，都彰顯了上帝的大能，也讓我們對上帝的愛有更深的體認。服事的路雖然艱辛，但卻是豐盛而甘甜的。一個教會的成長，要感謝的人太多，然而若不是靠著上帝奇妙的作為，我們是無法成就任何工作的，聖經上說：「我栽種了，亞波羅澆灌了，惟有上帝叫它生長……」( 哥林多前書三章6 節)。
