教會的發展最令人振奮的，就是因為教會的復興與成長，成長到足以另拓一間教會，但是最令人擔心的就是內部衝突所演變的分裂。主後1998年本會發生了因牧者與教會在教會事務上認知的不同，造成主任牧師白光勝牧師於主後1999年春偕同教育牧師李麗雪牧師離開延平教會，專心發展其一手策劃經營的布農文教基金會。其家族及一些支持白牧師的信徒之後也紛紛的離開延平教會，到布農文教基金會去聚會，當時教會的處境可謂雪上加霜。主後1999年正值總會行文各教會，鼓勵教會以原始地名命名教會名稱，當時教會正值內部激烈衝突，教會與布農文教基金會的產權糾葛，加上信徒對教會的失望，教會急需力圖振作。有鑑於此，主後1999年7月由時任的助理傳道溫光亮，於任職會提案更改「延平教會」的名字，以社區原始地名「巴喜告」為教會的名字，提案經大會一致的通過，延平教會正式改名為「巴喜告教會」。桃源部落的原住民名稱為「巴喜告」（Pasikau）是卑南族語，意為「竹林」。目前巴喜告教會的信徒戶數為三十六戶，陪餐會員有六十六人，籍在人不在之會友有二十四人，慕道友有二十二人。

(一)    配合總會年度事工總主題「建造家庭祭壇、分享豐盛生命」鼓勵會友在自家建立家庭禮拜。

(二)    舉辦週末兒童生命教育營，讓部落小孩從小就可以接觸基督信仰。

(三)    加強社區宣教：本會已獲原住民委員會同意承接「延平鄉家庭暨婦女服務中心」加強關心社區服務；設立牙醫診所：本會也得從加拿大回國之潘文良醫師一家人願意於本會開設牙醫診所義診，讓部落居民可以不再大老遠跑到台東市看牙齒。潘文良醫師為原艋舺教會之執事，牙醫診所的開設確實有助教會的社區宣教工作。希望本會以「延平鄉家庭暨婦女服務中心」和「牙醫診所」的設立讓教會對部落的幫助能夠更廣更深。

(四)    鼓勵會友閱讀新眼光讀經，培養固定靈修時間。

(五)    堅固教會內已有的各團契組織，及各項週間聚會。