1924年間台東聽內已經有數間教會，而處在交通樞紐的台東街卻沒有教會，而且自西部遷居至此的信徒也已經有四十多人，其中有兩位曾在教會任過執事，一位與牧師同住過數年，一個念過教會中學，這四十餘位來自西部四間不同的教會。1924年元月20日施坦(寬宏)傳道師來主持首次主日禮拜，出席者二十餘人，眾人一致希望能有一間禮拜堂及一位傳道師；日後就由幾位弟兄繼續在信徒家中輪流主持主日禮拜。

這年三月施坦先生在萬丹教會講道時提起東部教會狀況，並呼籲分設台東教會宏揚主道，李仲義長老深受感動而奉獻壹仟圓作為三年傳道薪津，獲得南部台灣基督長老教會傳道局同意，於三月二十四日派劉俊臣牧師及劉文詩長老來此成立講義所，並主持成立特別禮拜；特派駐在富里教會的施坦先生轉任台東基督教講義所，並在草厝街購得草房二棟做為聚會所。

1926年2月25日北部中會接受南部中會所贈與之東部六教會，3月9日南屬各教會派代表赴南部中會請願未被接受，但這月中旬中會派廉、高兩位牧師東渡勸勉、辨論六教會乃不願歸北，並派代表出席4月8日台灣大會，報告東部六教會投票結果，大會仍然不彩納， 批准承認南部中會之贈與案，並訓令南部中會以後不得再干涉東部教會。

1926年5月15日在無奈的情況下於大庄(東里)教會宣告自立，定名為「東部台灣基督長老教會」。1927年任滿調回南中派駐恆春教會，3月北中派鄭應亨傳道繼任，因教會歸之風波未平，教會役員拒鄭入教會，鄭先生在不得已之下住進旅社，直至6月鄭先生經當時北部中會之郭水龍巡迴牧師同意，在旅社隔壁租房屋開始向外佈道，消息傳出，教會役員蔣源盛先生顧慮台東或將形成兩個教會，不能榮耀基督，即與鄭先生協商，結果臨時終止佈道，歡迎鄭先生入教會並舉行佈道大會。

1935年10月6日升格為堂會；台灣光復後的1946年底向日產局購得日人佛教淨土宗寺廟改建為禮拜堂，1950年11月15日舉行獻堂典禮。

溫榮春牧師任內先後分設四間佈道所：(1)初鹿教會1956年九月九日成立1959年11月22日升堂會；(2)建和教會1957年元月十日成立(後來合併於知本教會)；(3)知本教會1957年11月10日成立，1980年8月5日升格為堂會；(4)太麻里教會1959年8月9日成立1969年8月9日升格為堂會。

1965年5月23日更生教會奠基典禮，1966年6月5日臨時和會議定以中山路為界分為台東及更生兩教區，7月20日更生禮拜堂舉行獻堂典禮並成立更生教會，次年5月21日升格為堂會。

1967年2月成立禮拜堂重建委員會，1970年2月委託天主教瑞籍修士傅儀精心設計，並親臨監工，1971年4月4日奠基1972年元旦落成獻堂典禮。

目前台東長老教會的使命：「積極培育門徒，熱情對外宣教」 。異象：「真實的敬拜、全人的醫治、宣教的教會」。

 ◆歷任傳教師（資料來源：台東長老教會網站  http://church.chhs.com.tw/tkptc/About.asp#H006  ）

第一任傳道者：施坦(寬宏)傳道師(1924～1926年)

第二任傳道者：鄭應亨傳道師(1927～1928年)

第三任傳道者：侯連湖傳道師(1928～1930年)

第四任傳道者：高端莊傳道師(1931～1932年)

第五任傳道者：林再添傳道師(1933～1938年)

第六任傳道者、第一任牧師：劉約翰牧師(1938～1942年)

第七任傳道者、第二任牧師：陳瑞山牧師(1943～1951年)

第八任傳道者、第三任牧師：溫榮春牧師(1951～1962年)

第九任傳道者：潘堅鄉傳道師(1962～1963年)

第十任傳道者、第四任牧師：張清庚牧師(1963～1983年)

第十一任傳道者、第五任牧師：王榮信牧師(1983～1992年)

第十二任傳道者、第六任牧師：黃旭正牧師(1992～2004年、2005～2006年)

第十三任傳道者：黃清立傳道師(2008～2011年)

第十四任傳道者：蕭丞宇傳道師(2011～)

第十五任傳道者：張培芬傳道師(2012～)

長青教會第一任傳道者：林霓玲傳道師(1991～1992年)