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合作機構
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- 台灣教會合作協會
- 台灣聖經公會
- 台灣基督教視聽聯合會
- 台灣基督教論壇報社
- 基督教社會互談會
- 台灣基督教福利會
- 中國主日學協會
- 基督教芥菜種會
- 勵馨基金會
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事工委員會
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- 傳道委員會
- 教育委員會
- 教會與社會委員會
- 普世關係委員會
- 青年事工委員會
- 大專事工委員會
- 婦女事工委員會
- 松年事工委員會
- 原住民宣教委員會
- 客家宣教委員會
- 牧師、傳道師在職暨退休福利委員會
- 財務委員會
- 法規委員會
- 信仰與教制委員會
- 教會禮拜與音樂委員會
- 教會歷史委員會
- 台灣族群母語推行委員會
- 高等教育委員會
- 總會牧師、傳道師委員會
- 性別公義委員會
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普世教會協會
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- 普世教會協會 WCC
- 亞洲基督教協會 CCA
- 普世改革宗教會聯盟 WCRC
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普世宣教組織
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- 世界傳道會 CWM
- Mission 21 M21
- 柏林宣道會 BMW
- 亞細亞福音宣教會 AEMF
- 海外基督使團 OMF
- 基督教黎明啟傳道會 LMI
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其他普世機構
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- 教會共同行動聯盟 ACT Alliance
- 世界台灣人基督教會聯盟 WATCC
- 世界基督徒學生聯盟 WSCF
- 小錢友誼祈禱運動 FLC
- 亞洲教會婦女協會 ACWC
- 世界公禱日 WDP
- 國際橋樑建造者協會 BB
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合作教會
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- 英國聯合歸正教會 URC - 1957
- 加拿大長老教會 PCC - 1957
- 美國長老教會 PC（USA）- 1957
- 美國歸正教會 RCA - 1957
- 日本基督教團 UCCJ - 1963
- 蘇格蘭教會 CoS - 1969
- 大韓耶穌教長老會(統合) PCK - 1973
- 韓國基督教長老會(基長) PROK - 1973
- 在日韓僑教會 KCCJ - 1973
- 中華基督教會香港區會 HKCCCC - 1978
- 基督兄弟團 BCC - 1978
- 德國福音教會協會 EKD - 1980
- 澳大利亞聯合教會 UCA - 1982
- 加拿大聯合教會 UCC - 1984
- 美國聯合基督教會 UCCUSA - 1986
- 威爾斯長老教會 PCW - 1986
- 日本耶穌基督教團 JCCJ - 1987
- 紐西蘭長老教會 PCANZ - 1988
- 瑞士新教聯盟 FSPC - 1991
- 印度長老教會 PCI - 1993
- 匈牙利歸正教會 RCH - 1996
- 菲律賓聯合基督教會 UCCP - 1998
- 馬紹爾聯合基督教會 UCCMI - 2000
- 泰國基督教會 CCT - 2002
- 中非長老教會馬拉威可馬大會 NSCCAP - 2004
- 日本基督教會 CCJ - 2006
- 基督教新加坡長老大會 PCS - 2007
- 基督教馬來西亞長老會 GPM - 2007
- 奧地利基督教會 ECA - 2008
- 巴西獨立長老教會 IPIB - 2008
- 伊索匹亞耶穌之家基督教會 EECMY - 2009
- 馬來西亞基督教巴色會 BCCM - 2012
- 東洋聾啞基督傳道教會 ODCEC - 2013
- 緬甸基督長老教會 PCM - 2013
- 印尼托拉雅教會 GT - 2014
- 哥倫比亞長老教會 IPC - 2015
- 印尼基督教會 GKI - 2016
- 婆羅洲福音宣道會 BEM - 2016
- 基督教大韓福音教會 KEC - 2018
- 巴西台灣基督長老教會中會 PSTH - 2018
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