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合作機構
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- 台灣教會合作協會
- 台灣聖經公會
- 台灣基督教視聽聯合會
- 台灣基督教論壇報社
- 基督教社會互談會
- 台灣基督教福利會
- 中國主日學協會
- 基督教芥菜種會
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事工委員會
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- 傳道委員會
- 教育委員會
- 教會與社會委員會
- 普世關係委員會
- 青年事工委員會
- 大專事工委員會
- 婦女事工委員會
- 松年事工委員會
- 原住民宣教委員會
- 客家宣教委員會
- 牧師、傳道師在職暨退休福利委員會
- 財務委員會
- 信仰與教制委員會
- 教會禮拜與音樂委員會
- 教會歷史委員會
- 台灣族群母語推行委員會
- 高等教育委員會
- 總會牧師、傳道師委員會
- 性別公義委員會
- 法規委員會
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普世教會協會
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- 普世教會協會 (WCC)
- 亞洲基督教協會 (CCA)
- 普世改革宗教會聯盟 (WCRC)
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普世宣教組織
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- 世界傳道會 (CWM)
- Mission 21 (M21)
- 柏林宣道會 (BM)
- 亞細亞福音 (AEMF)
- 海外基督使團 (OMF)
- 基督教黎明啟傳道會 (LMI)
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其他普世機構
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- 教會共同行動聯盟 (ACT Alliance)
- 世界台灣人基督教會聯盟 (WATCC)
- 世界基督徒學生聯盟 (WSCF)
- 小錢友誼祈禱運動 (FLC)
- 亞洲教會婦女協會 (ACWC)
- 世界公禱日 (WDP)
- 國際橋樑建造者協會 (BB)
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合作教會
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- 英國聯合歸正教會 (URC)-1957
- 加拿大長老教會 (PCC)-1957
- 美國基督長老教會 (PC（USA）)-1957
- 美國歸正教會 (RCA)-1957
- 日本基督教團 (UCCJ)-1963
- 蘇格蘭教會 (CoS)-1969
- 大韓耶穌教長老會 (統合) (PCK)-1973
- 韓國基督教長老會 (基長) (PROK)-1973
- 在日韓僑教會 (KCCJ) - 1973
- 中華基督教會香港區會 (HKCCCC)-1978
- 基督兄弟團 (BCC)-1978
- 德國福音教會協會 (EKD)-1980
- 澳大利亞聯合教會 (UCA)-1982
- 加拿大聯合教會 (UCC)-1984
- 美國聯合基督教會 (UCCUSA)-1986
- 威爾斯長老教會 (PCW)-1986
- 日本耶穌基督教團 (JCCJ)-1987
- 紐西蘭長老教會 (PCANZ)-1988
- 瑞士新教聯盟 (FSPC)-1991
- 印度長老教會 (PCI)-1993
- 匈牙利歸正教會 (RCH)-1996
- 菲律賓聯合基督教會 (UCCP)-1998
- 馬紹爾聯合基督教會 (UCCMI)-2000
- 泰國基督教會 (CCT)-2002
- 中非長老教會馬拉威可馬大會 (NSCCAP)-2004
- 日本基督教會 (CCJ)-2006
- 基督教新加坡長老大會 (PCS)-2007
- 基督教馬來西亞長老會 (GPM)-2007
- 奧地利基督教會 (ECA)-2008
- 巴西獨立長老教會 (IPIB)-2008
- 伊索匹亞耶穌之家基督教會 (EECMY)-2009
- 馬來西亞基督教巴色會 (BCCM)-2012
- 東洋聾啞基督傳道教會 (ODCEC)-2013
- 緬甸基督長老教會 (PCM)-2013
- 印尼托拉雅教會 (GT)-2014
- 哥倫比亞長老教會 (IPC)-2015
- 印尼基督教會 (GKI)-2016
- 婆羅洲福音宣道會 (BEM)-2016
- 基督教大韓福音教會 (KEC)-2018
- 巴西台灣基督長老教會中會 (PSTH)-2018
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