1949年9月，在葉成宗先生府上成立家庭聚會，由南韓桃長老（中醫師）主持聖工，直到1956年9月9日，歸屬台東教會成立支會。由於信徒人數日增，原聚會場所容納不下，承蒙潘古錐兄弟奉獻一分土地，謝木強兄弟奉獻木材，又得母會輔補兩萬元，於9月即完成木造聖殿。1958年11月23日升格為堂會。

1970年2月7日籌備建堂，至1972年7月18日破土，同年10月10日獻堂。1977年重建牧師館。1983年增建二間主日學教室，開拓托兒所事工。1988年12月26日增建二樓牧師館及教育館，開拓兒童圖書館事工，作為設教四十週年的獻禮。

2015年3月11日《台灣教會公報》「南神校友 感謝為祭初鹿一世人」報導，在初鹿教會牧會30年（1984～2014年）的黃博仁牧師於2014年底盡程退休。

屏東萬丹教會出身的黃博仁1984年從台南神學院畢業，猶記得舊約老師謝秀雄牧師對學生「有教無類」的用心及「用智慧和愛心照上帝的話來做決斷」的教誨。曾在基督教家庭扶助中心服務10年的他，經盧俊義牧師的鼓勵，沒有考慮太多就與南神幼教系畢業的高白珠師母到台東，接下花東社區發展中心（今原住民社區發展中心）主任一職，並派駐初鹿教會。

初到教會時經濟條件較差，黃博仁一家四口住的小厝，離禮拜堂僅幾個房間之隔，冰箱和廚房與會友共用，還得在有限的空間內挪出空間做托兒所，不過鄉下長大的他倒覺得如魚得水，把維持與上帝的親密關係看為更要緊的事；牧師娘高白珠笑稱自己是能「一個口令一個動作」快速配合牧師的幫手，「哪裡有需要就往哪去，先不要管利害關係。」

台東縣卑南鄉初鹿村有一半居民是原住民，黃博仁退休當天，有族人為了感念他曾將自己罹癌的子女帶回牧師館照顧，特地到場載歌載舞送禮答謝。黃博仁說，過去在南神所受的處境化神學訓練，幫助他在東部懂得對不同的人傳講上帝的話，例如當地有許多學歷低的高齡長輩，太深的道理聽不懂，他就以實際的關愛行動來見證信仰，當對方感動於「牧師對我真好」，就將層次拉高到上帝的愛，以此領人歸主。

從起初見到長執要「立正站好」，到30年後彼此建立深厚「革命感情」，黃博仁30年來與弟兄姊妹一同成長和服事，最注重陪伴與探訪，曾在三更半夜陪會友去生孩子、搭飛機去醫院及埋葬長者，甚至會友念高中時睡過頭他也幫忙載去上學，「這些點滴三天三夜講不完。」初鹿教會雖然6、70人，但團結一心讓他30年來很少講奉獻的道理，除了在2005年完成重新建堂，每年經常費還有結餘可撥款扶助附近機構；他任內也推動諸多社區事工，包括週末兒童營、國小生命教育、國中得勝者課程、監獄事工、老人關顧事工等。

黃博仁喜歡將有感動的金句譜成短歌教唱，他說兒時在萬丹教會，歐進安牧師嚴格要求信徒背聖經，常在禮拜前抽問，令人緊張發抖，注重聖經的態度深深影響他。後來鄭兒玉牧師娘邀他到愛修會服事，開始創作詩歌，一句「主耶穌憐憫我」反覆吟詠，歌詞簡單卻蘊含無比感動。黃博仁除了在教會教唱，到醫院探訪長者也現場教學，讓對方學會自己禱告得安慰。會友在黃博仁退休時，特地將他創作的上百首歌印書紀念。

謝偉凡傳道師2013年從南神畢業後，接下黃博仁的牧會工作，象徵初鹿教會在南神校友的世代傳承下邁向新階段，期待未來能在國中、國小的社區事工著力，為高齡化教會注入生機。