1959年8月9日溫榮春牧師帶太麻里三位長老：陳金如、陳金爐、陳振芳，由台東教會作母會，當日為開設佈道所之日，1966年於現在之地點建設初期之教會，為太麻里教會。但由於黛娜颱風將初建之教會吹倒，信徒在樹下工作禮拜，當時信徒大部份向西部遷移，太麻里教會大失元氣。

1969年3月29日又重建現在的禮拜堂，由洪溫柔牧師主持建堂。此時因牧師之領導有方，教會走向自立，成為自治堂會。1975年12月7日由李八郎牧師創立天真幼稚園，於1984年5月24日，由邵忠仕牧師努力於幼稚園，而立案為幼安幼稚園，成為向外佈道及建全教會之道努力。並於1984年8月9日慶祝本會設教廿五週年紀念，使本會更能壯立。

2012年7月24日至8月3日、2013年暑假舉辦「愛在太麻里」夏令營，「愛在太麻里」夏令營為太麻里教會連結東排中會正興、嘉蘭教會合作舉辦，長榮學園策略聯盟參與協辦，台南神學院、長榮大學學生來到太麻里服事，召聚超過160位學童度過歡唱、遊戲、陪讀、學習品格教育與才藝的2星期。