本教會係由吳天賜牧師以自給自足傳道方式，創設於民國39年7月30日。開始時借用美崙聖經書院（玉山神學院前身）一間教室作禮拜，嗣於同年10月，吳牧師以其多年積蓄，租用一間較大的日式房屋為住宅兼做禮拜堂，命名為「美崙福音堂」。

　　民國40年2月25日，基督教福音協同會六位宣教士－聶牧師伉儷、孫維理伉儷、彭德惠教士和斐美珍教士等來花蓮傳福音並在美崙定居，本教會在初創之時，荷承他們的協助很大。教會事工在吳牧師的努力之下，發展甚連。同年9月9日，受東部中會接納為屬下一個教會。

　　民國41年1月2日為籌建禮拜堂，成立建堂委員會。建堂計劃分三期進行。同年10月7日，以有限的基金，憑信心興建第一期工程－禮拜堂地基。42年8月24日，第二期工程開工，同年10月無天花板，牆壁沒粉刷的教堂完工，10月11日開始在新禮堂舉行主日崇拜，同頌主恩。43月1月禮拜堂第三期工程完工。

　　42年12月13日於和會中選出第一任之長老二位及執事三位，12月30日長老和執事就任。43年召開和會，選舉吳天賜牧師為第一任牧師，於1月30日舉行吳天賜牧師封立及獻堂典禮，於是教會獨立。

　　44年4月1日創辦培光幼稚園，為當時美崙地區最早設立幼稚園之一，由胡梅林教士擔任園長，成績優良，頗獲好評，後因學童人數逐年減少，終至無法維持，於58年秋季宣告結束。

　　禮拜堂等所使用之土地，原係向花蓮縣政府租用。嗣後美崙地方逐漸繁榮，地價增高，每年繳納地租成為沈重的負擔，遂決定籌款向政府申請購買所租用之地，經過數年交涉，卒獲同意，於62年1月中向花蓮政府由請，同月底獲得許可，2月初復蒙花蓮地方法院登記財團法人合法成立。現今登記為教會所有土地二筆，合計面積約六百二十坪。

　　原來建築之木造禮拜堂，使用已三十餘年，相當破爛，需予拆除重建。民國75年組織建堂委員，策劃建堂事工，鼓勵會友獻金並同心合意為建堂事工祈禱。76年2月鄭青萍牧師到任後，積極進行，78年9月20日開工，工期9個月，於79年7月完工。新教堂可容納二百二十人，附設地下室及主日學，全部面積約一百六十坪，約需七百五十萬元，大部份為本教會會友奉獻，部份由鄭青萍牧師向外募捐，另一部份承會友信徒愛心捐助。自此我們擁有一間美崙美奐的教堂，願將一切榮耀歸給主。