有鑑於從宜蘭方面，移居加禮宛社之信徒，失迷無牧，在1907年3月9日，創立加禮宛教會於平野區加禮宛（現嘉禮村），初任派偕八寶為傳道師，此即花蓮港教會之前身。

嗣後花蓮港人口日增，從西部移居者日眾，到1910年，傳道師陳木生來任，即在花蓮港春日通(現花蓮市第一信用合作社對面)租屋為禮拜堂，經過約一年後，上峰撥款，於現在的花蓮市中山路與節約街（當時稱「黑金通」）新造一座木造教堂，也就是現在的花蓮港教會。

1940年高端莊牧師時期，重建木造尖塔美觀之聖堂，於1940年12月15日舉行獻堂，並慶祝獨立七週年紀念。此間宋尚節博士來台奮興，信徒前往台北、台中、台南參與者甚眾，教會大復興，因此聖堂不能容納，在1948、9年間，在吳天賜牧師任內將聖堂擴建一次，又於陳瑞山牧師來任後，再延長擴建一次，1951年花蓮發生未曾有之大地震，聖堂破壞嚴重，即組織修建委員會，募捐興建現在之聖堂，於1961年11月完竣，同月29日舉行獻堂典禮。1955年分設壽豐、志學二間教會為支會。1959年3月，籌劃設立新城佈道所，之後20餘年均由花蓮港教會關懷牧養，1987年7月，經東部中會47屆秋季議會通過，新城佈道所升格為堂會。

1977年5月10日上午，在本教會舉行慶祝東部設教百週年及花蓮港教會設教七十週年紀念慶祝感恩禮拜。同年9月購置花蓮市林森路321巷44號二層樓房一棟設立東方教會（後遷至花蓮市自立路）。

1999年9月「九二一大地震」後，全力救助，共募得25萬餘元及民生用品送達總會聯合賑災，派8位會友前往東勢參與救災。

2006年7月東部中會66屆秋季議會，議決解散新城教會，並交回由花蓮港教會負責管理，花蓮港教會接受新城教會後，因實質上新城教會已經不存在，於是更名為「新城美地」，開始嶄新的拓展復興的事工。花蓮港教會婦女團契、青少年團契以及多個小組前往「新城美地」聚會。

2007年舉行設教百週年系列活動，編輯設教百週年紀念特刊，6月舉辦「培靈與造就」研習會，邀請湯孟宗牧師分享「從傳統到更新」、「靈命的建造」。8月舉行「結婚週年感恩禮拜」與「恩愛夫妻照片展」。10月28日舉行慶祝設教百週年感恩禮拜。

花蓮港教會自創立迄今超過百年，早年雖經日本憲警欺壓迫害，幸蒙上帝特別眷顧，差遣宣教師多人來台及歷任牧者長執努力奮鬥，信徒互助合作，教勢大展。茲為，於主後本教會歷史頗為悠久，信徒眾多，遍佈全國各縣市，移居美國、加拿大、日本等國有之，深感上帝恩澤浩大，而有子民綿延。