南埔教會雖然在教會中有許多的反對聲浪，經過池漢鑾牧師全力推動，排除萬難，在信徒、長執的共識下，經由東部中會派特會員：主禮人－副議長莊武男牧師、司禮人－中委鄭耀宗牧師、講道－傳道部林信明牧師、聖經－中委謝波萍長老、祈禱－中委戴主誠牧師於1987年9月27日下午三點在吉安鄉仁里村中正路一段108號劉邦海兄弟之店面一樓住宅舉行南埔教會開幕禮拜，南埔教會因此孕育而生。

　　設教的範圍是七腳川以南的南埔地區為宣教區域，南埔教會以拓荒方式，宣教的精神設立教會，設立時在吉安鄉仁里村中正路一段108號，是劉邦海之三子劉得意君的厝做宣教的事工，當時七腳川以南南埔地區有17戶會友讓南埔教會來關心牧養，並無硬性規定屬於南埔，其中有照常在母會聚會三戶，未曾來聚會二戶，遷居二戶，留在南埔有十戶中有七戶是單身，一人信徒參加聚會而已。當時南埔地區信徒無一人任長老、執事，生活在南埔地區居民的經濟狀況較弱。

　　設立後在尚未聘得傳教者前由池漢鑾牧師主理，主日學校長－盧碧雲姊妹，聚會時間?為下午2點半，1988年5月22日聘陳主生教師夫婦在南埔教會牧會，9月25日遷堂於東明一街170號並舉行設教一週年感恩聖餐禮拜，10月30日陳教師離任。

　　1989年3月3日黃勇男牧師到任；4月30日購買房屋做禮拜堂認捐；同年7月2日監選通過成為信義教會第一任傳道牧師派駐南埔教會；8月6日就任；9月10日主日禮拜時間改為上午10點聚會；12月17日舉行獻堂典禮，敦請中會議長王榮信牧師主禮。

　　1991年4月21日議決為南埔教會聖工推展需擴建，經費約五十萬，南埔負擔25萬，以認捐方式，12月建完成。