1950年代的北埔村是一個人煙稀少且貧瘠的農耕小村落，居民大多為台灣原住民與退伍榮民。1965年間，門諾會蔡炳火牧師以家庭聚會開始宣教，1969年起邀請美港教會江天順牧師，及芥菜種會宣教師唐華南牧師協助開拓事工；但因門諾會人力資源有限，經雙方協商後，於1971年2月14日正式將「北埔佈道所」轉交美港教會關懷，正式歸入「台灣基督長老教會」。

教會初期因無固定教堂，且信徒人數稀少與經濟缺乏等因素，僅能以囑託傳道的方式兼任牧養，這期間有退休的胡三崁牧師、江信惠老師、黃明長老、陳榮軍教師、張成業傳道，參與佈道所時期的兼職牧養事工。

1985年得母會的鼎力協助與教會兄姐的甘心奉獻，購得北埔村民族路62號的三樓公寓，同年10月10日完成獻堂，教會正式結束20年飄流租賃的聚會生涯。

1991年2月25日正式升格為堂會，8月份首任專職傳道師胡志彊夫婦受派赴任牧養，教會漸漸步入發展軌道。1993年9月30日封立胡志彊教師為本會第一任牧師，並續聘牧養至今26年。

教會因有固定牧師使人數與事工的日益增加，故於1993年間定下「為上帝國圖謀大事」8年長程計劃，空間的需求漸漸迫切，1995年得姚佐臣長老家族奉獻光復路旁200坪農地，1998年2月15日教堂開工興建，1999年6月26日獻堂啟用，以總經費一千二百萬元完成210建坪的三層斜頂式建築，結合現代科技與傳統古典美的新禮拜堂。

2015年再購得教會後方的526坪農地（原持有234坪）共 760坪，除增加停車場空間和開闢「開心農場」作社區宣教與服務設施使用；並將所有產權順利過戶至東部中會財團法人名下。

教會為因應社區宣教的發展需要，於2012年向花蓮縣政府申請登記成立「花蓮縣新城鄉麥子田教育關懷協會」方便進入學校作生命教育課程，並於每年暑期進行為期1個月100人的大規模「暑期兒童歡樂學習營」創意教學活動，得到官方配合與社區的高度肯定與期待。教會事工著重信徒的宗教教育「希望慕道小組」、「佳音關懷小組」、「福音造就小組」、「全人主日學」、「深知閱讀計劃」、「主日5分鐘分享」、「主日15分鐘講道操練」、「平信徒神學禱告會課程」。

關懷探訪事工除週六牧師長執時間外，並安排「6月友誼月友誼探訪服事」和「12月關懷月深度探訪服事」並在「夕陽會交誼」與「野外禮拜」、「社區媽媽教室」中如家人般的情誼。教會也關心國際性宣教事工，自2003年即參加泰北阿卡族宣教事工，每年固定奉獻關心並委請差派胡牧師深度參與泰北宣教，並藉由不同的專長與恩賜作神學教育與公職事奉。

花蓮縣政府規劃2017年於北埔地區建築600戶青年住宅，在未來將有2000人以上的遷入人口。面對多元族群與不同型態的人，教會以「上帝的殿，屬靈的家」來定位社區中的角色。期盼讓人群能接觸到一個和善溫馨的團體，在追求真理的過程中體驗上帝的奇妙，用合一敬虔的心志來作北埔教會的家人。

僅管北埔教會的設教歷史約45年，但我們經驗上帝莫大的恩典與奇妙的帶領，也相信在東部中會設教140年的此時，將再次領受上帝給予的異象，繼續向標竿奔跑，讓更多的世人認識與相信主耶穌的救恩福音，作合神心意的教會。