1917年5月15日花蓮港至璞石閣(玉里)的火車通行。同年，9月22日璞石閣支廳正式改為日本式的「玉里支廳」。「台灣教會報(今之教會公報)」刊載「台灣東部的玉里，前雖為不重要的部落，但現成為玉里支廳所在地，並火車通行設站，即變成繁榮的市鎮。石牌的楊連福傳道師獲得東部南部屬各教會的支援佈道所，在該地建堂從事佈道。1917年7月20日的颱風後，禮拜堂被夷平又再建立繼續努力。對此工作，英國差會外國宣導會亦依照台南教士會的請求，由『西敏士德神學院外國傳道會』(Westminster  College Missionary Society)舉辦的『本地教會建築基金』(Native Church Building  Fund)中撥出六英磅為補助金協助購地謀求發長。於年頭1918年，石牌教會的楊連福傳道師就專心來王講義所拓奮鬥。」
　　1917年講義所租厝於現在的中正路六六號，信徒共六戶：李永和、蔡天數、莊山嶺、陳秋傳、王阿興及黃連敦嫂。後來不久，又遷入黃誕登興李基二戶，共八戶。1918年11月廉德烈牧師第三次來巡視?灣東部，廉德烈牧師在玉里講義所舉行第一次的聖餐。禮拜20人參加，有六名恭守聖餐；同時，為楊連福傳道師的小兒施洗。楊連福傳道師乃石雨傘教會楊贛長老的次子。
　　1920年12月30日，玉里市街空前大火燒，燒歸一八七戶，所租用的厝也被燒燬，便暫時借會友的草厝聚集禮拜。此後會友開始收集奉獻建造禮拜堂於關帝前(今之協天宮)，即現在李榮富先生住宅的所在地。1921年1月24日，從東港坐船出發的林燕臣牧師(當時64歲，乃清代秀才)，由海上再翻山渡溪來到玉里。1月26日守聖餐，陪餐者16人，參加禮拜40餘人。那時，會友16戶，有83人。林牧師曾在教會的「長老督會記事冊」上留下議事內容，也為玉里教會留下一首詩。1923年7月，北部中會張金波牧師來巡視東台灣教會，8月7日到玉里。
　　1930年，因禮拜堂在關帝廟前聚會，常被演戲干擾，便購買中城里黃清良先生的住宅，改造為禮拜堂。（原為中山路一段一六四號，現在已開路）在此經過18年之久，信徒逐漸增加，且時勢勢也在變遷，感覺距離市街較遠，又房屋狹小不敷使用。及至台灣光復，1948年5月蒙上主安排，經蔡天數長老找到現址，面積約2645平方公尺，是以前日產的「林產物加工廠」。當時因光復不久，秩序不安定中，經過重重麻煩之交涉與爭取，才以舊台幣213萬元購得。經改建而有禮拜堂、牧師館和教室。
　　1964年年底，新禮拜堂的設計圖由台中忠孝路教會賴錦銅執事完成。54年4月1日開工，至55年8月18日全部完竣，舉行獻堂禮拜。總工程費575,200元，無對外募款，由當時的30戶信徒竭力完成：有錢獻錢，無錢獻工！當禮拜堂屋頂灌水泥時，許多會友都前來「助陣」，把水泥打實。新禮拜堂的高塔在陽光下閃閃發光(因鎬玻璃罐碎片)，遠在鎮外即可眺見。
　　1978年11月5日下午三時，本會慶祝「設教60週年感恩禮拜」。(因前禮拜的一塊匾「禮拜堂」上的落款日期為1918年，故以為是教會創設年代)當時教會數76戶，成人會員137人，小兒會員有103人，上午禮拜人數平均90人左右，晚上35人左右。經常費約29萬元。主日學學生約90人，校長羅天足；聖歌隊20人。
　　1981年11月9日，本會與韓國釜山楊亭教會締結姊妹教會，楊亭教會特派元利貞牧師等五人為代表蒞臨，在本會舉行「結盟感恩禮拜」，1988年楊亭教會曾再度來訪。而本會也於1982年5月、1984年4月、1991年9月前往拜訪。1993年7月4日，逢楊亭教會「設教40週年」，本會寄去一長幅教會旗為賀禮。1992年東部中會春季議會中議決，委任玉里教會為東竹教會的母會，關心東竹教會的牧養、宣教事工。1992年6月28日陳岑滿教師受封立牧師，並就任玉里教會傳道牧師派駐東竹教會。
　　本會附設機構曾有「教會文字中心」與「和平幼稚園」。幼稚園於1955年開辦，及至55年9月獲政府准予立案，多年來曾是玉里地區唯一立案的幼稚園(非托兒所)。人數最多時曾有200年以上，今有學生120人左右。許許多多玉里青年常說「我也是讀和平幼稚園的！」
　　1970年左右，台灣工商業逐漸起步，許多會友漸漸往台北、花蓮遷移，青年學生外出求學、謀職，教會逐漸衰退。近三年來禮拜人數約60人上下，但戶數仍有70戶。主日學平均約20人，但3/1是別教會來的孩子。當長輩逐漸凋零，孩童慢慢減少，青年又外出的狀況下，玉里教會當如何面對如此的挑戰？當我已成為第二代、第三代的基督徒時，我是否承繼了前輩對上帝的忠心和單純的信心？當我們要邁向第77年頭時，各位親愛的會友和玉里僑，我們先停下腳步來，一起想想、一起禱告，再向前走進第77年。