東竹教會原屬東里教會，主後1953年東里和會通過分設本會。當時公路汽車未暢通，騎腳踏車往返需費時一小時多，若遇雨期，常被山洪阻隔，因此經長老蔡龍，執事陳生、陳田、鄭大鶻、金春來等建議分設支會，經長執會及小會同意，即開始籌備興建事宜。
但當時東竹信徒甚少，一時尚難如願完成，後因張雲錦牧師鼓勵，又於1955年1月得信徒甘心奉獻一萬三千餘元，遂購得一律六分餘地之地皮，建築一棟32坪之木造禮拜堂，並於主後1955年3月27日竣工舉行獻堂典禮。
後因東里教會也無牧者，母會轉作富里教會。1992年得玉里教會小會關心，認養為子會，東部中會正式通過。並於主後1992年6月28日設立陳岑滿教師封牧暨就任玉里教會傳道牧師，派駐東竹教會事奉。
1992年9月增建牧師館廚房，1993年成立社區兒童圖書室，1998年重建教會圍牆並整修禮拜堂朽舊木窗為鋁門窗。
