台北東門教會的創立開始於主後1946年4月14日，由葉金木牧師開拓傳道，在原日本聖潔會會址聚會，於1947年5月21日升格堂會，正式定名為台灣基督長老教會台北東門教會。教勢成長穩定，並於主後1959年3月29日開設第一間支會-大安教會。第一任葉金木牧師牧養東門教會共計20年，於主後1966年退休。1967年3月29日由鄭連明牧師就任第二任牧師，計總共任期為十一年，1977年因病逝世。這十一年間推動許多福音事工，包含於1972年10月開辦聖經函授學校，1973年3月開辦學生宿舍，同年9月又開設第二間支會-新興教會，並於1974年購得教會現址仁愛路二段76號之土地及房舍，於1975年9月開始教會擴建之第三期計畫。

 主後1979年鄭連德牧師就任第三任牧師，同年12月2日啟用新堂，並改大門由仁愛路進出，次年（1980年）4月20日舉行新堂獻堂禮拜後便積極推動多項事工，包含開放圖書館、開始日語聖經祈禱會、開設關懷都市山胞事工、開辦社區母姊會及大專學生宿舍，並於1982年10月開辦台北少年觀護所佈道事工，1983年5月舉辦首屆敬老會，7月首次成立山地醫療福音見證團。對於教會開拓的事工一直是東門教會的異象，因此於1985年2月聘陳文瑋牧師協助開拓安和教會，同年4月正式開設安和佈道所，到1989安和教會也正式升格為堂會，這是東門教會所參與開拓的第三間教會，當時教會內的團契也逐漸穩定，家庭團契與松年團契都相繼成立。

 主後1991年7月洪振輝牧師就任第四任牧師，開始拓展多種語言的事工，從1992年開辦英語查經班、英語禮拜，先後有多位來自美國長老教會的宣教師來協助推動；此外1994年2月開辦客語事工，由邱善雄牧師協助客語禮拜。為了加強關懷原住民，也在1995年元旦開始由日本宣教師二宮一朗牧師協助都市原住民事工，於每禮拜日下午聚會。

 ‧盧俊義牧師積極推動讀聖經

主後1998年4月12日為設教52週年，同日舉行第五任盧俊義牧師就任禮拜，於同年7月1日開始推動查經班，為了使不同需求的會友都有參加的機會，共開兩班分別於每禮拜三早上9：30起及禮拜五晚上7：30起，目前平均出席人數皆達75人以上。為了更落實推動讀經，於1999年1月3日開始同時推動「讀聖經寫作業」，並在週報刊登「聖經導讀」內容供會友參考，於2001年5月31日讀完新舊約聖經一遍。同年7月1日開始第二次讀聖經。此外，也在每年暑期推動「快樂兒童營」，堅持只教導聖經的內容，並且不收費用。第一年（1998年）舉辦時平均每日有82位小朋友出席，第二次舉辦（於2000年）平均出席人數則增加到119位，2001年平均有178位的小朋友來參加，而2002年則平均出席為200名小朋友。至於傳福音的事工則從開拓教會轉變為支援弱小的教會及非洲宣教事工，目前已經在協助台東的森永教會及苗栗三義教會，以及支援海外宣教事工。

 2001年全教會生活營 開辦東門學苑。2001年是設教五十五週年，於3月份開辦了東門學苑，共有四門學科，分別為「聖經與現代人」、「藝術欣賞」、「心靈與健康」、「綠色生活」，總計62名學員，第一學期已經在6月28日告一段落， 第二學期於9月4日開辦。也為了慶祝設教55週年，去年3月10-11日在石門水庫芝麻酒店舉辦了全教會的生活營，共計285名會友參加，是首次全教會會友的活動，蒙主賜福讓我們很順利平安的完成了這樣大型的營會。

 ‧2002年聘任原住民傳道致力於都市原住民事工

從2002年七月底二宮一朗離開台灣回日本繼續進修，所以在八月份由姜美琴（lemeleman）傳道正式就任為原住民聚會的專任傳道，致力於都市原住民的事工及青年事工。

2014年第五任牧師林瑞隆就任，加上2013年派任來到東門的李明儒傳道師，2015年柯伊諾．拉斌牧師任牧養原住民， 牧者與信徒共同努力，期望能成為一個人人熱愛讀經的教會，更希望能成為推廣讀經的中心，因為我們相信教會是起造於聖經-上帝的話的基礎上面，也盼望教會能明白上帝的話順從上帝的話，來成為這個時代、這個社會的光燈。