一九七九年五月七日金陵教會為紀念設教十週年及響應總會推行什一增長，蔡培火提議，全教會決定於台北東區開設教會，作為禮物奉獻給主，特別籌劃成立「開拓教會委員會」，主委袁鄒富牧師、金進安長老、蔡陳秀長老、蔡培火先生等四位。小組委員會即時尋找在國泰醫院對面巷租用仁愛路345巷15弄14號，林振南長老命名「城東」(城市的東邊)。七星中會派員到金陵教會監選陳正憲牧師駐堂開拓「城東教會」。廿七日正式請中會議長鄭連坤牧師主持開設禮拜。開始聚會時，只有七、八位信徒，不久就增加到廿幾位，同年八月七日大家感到房租昂貴，決定購買永久會所，立即組成聯合建堂委員會(金陵教會八位、城東教會三位)，由蔡培火先生擔任首屆主任委員。

 一九八○年三月二日洽購敦化南路335巷21號地下樓為禮拜堂，教勢急增已達「堂會」的標準，一九八一年二月廿二日七星中會卅週年紀念時，本會升格為堂會，選出第一任長執，長老二名為吳順愛、林振南。五月廿四日慶祝設教二週年和陳正憲牧師就任第一任牧師及獻堂感恩禮拜，信徒也倍加到四、五十位。

 一九八二年六月台北大水災，本會不幸遭水患二次，損失嚴重，但信徒並不失志，憑著信心同心協力重見家園，隔年商議搬遷並組成城東教會建堂籌備會，一方面計劃建堂，另一方面再租屋。

 一九八五年三月籌備會改組正式成立屬於本會的建堂委員會，林壽陽擔任主任委員，開會多次決議十月十一日購買安和路一段45號一樓，即辦理登記為財團法人董事會，張五益長老擔任第一任財團法人董事長，第二任財團法人董事長為林信男長老，現任財團法人董事長為林萬賀長老。

 「城東教會」屢次都以無比的信心、愛心、盼望完成上帝所託付的使命，彰顯上帝的榮耀，在第一任陳正憲牧師帶領時期，陳牧師殷勤、努力牧養羊群，不遺餘力，並聖靈同工下、全體信徒與長執同心協力、分工合作、熱心服事與金錢奉獻，教勢持續增長，終在一九九五年三月購買安和路一段43號2樓（禮拜堂樓上）為教育館。大家同心稱謝頌揚上帝，愛主的心更加深。

2000年十月牧師館搬至安和路一段４５號二樓，次年2001年九月陳正憲牧師離開牧會廿幾年的城東教會，前往美國牧會，長執信徒滿懷不捨之心歡送陳牧師夫婦，並感謝陳牧師夫婦多年來的付出與努力。在沒有牧者期間，長執與信徒仍努力教會聖工的推展，成立聘牧小組，大家堅固信仰，同心合意，禱告與交託上帝，終於在主後2002年六月卅日，七星中會中委派中委許承道牧師、黃昭弘長老來主持方東三牧師監選，順利通過，方牧師全家於八月正式遷入安和路一段４５號二樓牧師館，八月正式上任，同年十月十三日舉行方東三牧師就任本會第二任牧師授職禮拜。

 2004年二月廿二日本會小會議決租用45號2樓之1 以每個月17000元承租成為教會活動的空間。共租用二年至2006年至四月止。這期間因在長執與信徒共識下，小會亦決議禮拜堂更新裝璜，由本會蔡榮堂長老（建築設計師）負責內部設計，於主後2005年十二月六日開始動工，由於本會林麗俐姊妹的熱心提供，自十二月十一日起借用她買的辦公室舉行禮拜及主日學活動，地點位於仁愛路三段30號12樓杏林新生大樓。主後2006年二月十九日新堂裝璜完畢，正式搬回煥然一新的禮拜堂，並舉行禮拜、召開會員大會和會與聖禮典。

 2010年城東教會30週年慶，牧師、長執與全體會友積極準備各樣慶典活動，期待城東教勢更加興旺，目前團契聚會的硬體空間仍有不足，盼望在全體信徒的努力下，教會的硬體設備能擴充，能有一間屬於城東的教育館，相信在發展社區工作與信徒造就與教勢的增長與各樣福音事工的推展上，一定可有很大的幫助，