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本教會係於1987年由南港教會陳錦根長老﹑劉堅望執事﹑莊克倫弟兄﹑陳錦彪弟兄等四位弟兄，為擴展南港地區福音之傳揚，於當年三月開始家庭聚會，籌備成立教會。經過多次之禱告而後得上帝之帶領，租得研究院路二段十二巷一號為禮拜堂，於五月10日奉主之名開始，由吳義方牧師主理正式第一次之禮拜，八月23日起邀請由美返台之江法標牧師住本堂牧會。
1988年元月8日經七星中會接納，加入台灣基督長老教會七星中會為直屬支會，元月31日中會派中會議長林肇燦牧師及中委至本堂主持開設禮拜，並派李約翰牧師為本堂小會議長，至1988年六月後李牧師因出國，中會改派林肇燦牧師為本堂小會議長。六月底江牧師返美後，本堂向中會申請，於八月開始派羅啟宗傳道駐本堂牧會。羅啟宗傳道在本堂牧會至1990年七月。
八月起派林信俐傳道駐本堂牧會，及至1991年七月底林信俐傳道任滿一年向中會申請調動，並獲派往金包里教會。八月1日中會正式派任李世昌傳道駐任本堂，並於八月29日由小會議長林肇燦牧師為其舉行就任典禮。
1989年二月18日成立「社區插花班」，參加的學員約有20名，特別聘請黃芳美老師為插花班老師。上課時間為週六下午兩點起。
原禮拜堂的租約於1992年四月底到期，長執們另覓新居作為禮拜堂，找到研究院路二段11巷5號1樓的房子，乃於1992年三月17日簽約，22日交屋，經過一番整理，於六月底遷入，自七月開始正式於新址做禮拜。
1992年七月31日李世昌傳道任滿1年向中會申請調動，獲派至壽山中會牧會，同年八月1日，台灣神學院派神學研究所林伯壽同學至本教會協助聖工之推行，至1993年六月30日結束。同年九月13日，應本教會申請，中會派陳福住牧師﹑許尚武長老來本會審查升格堂會的條件。並於十一月7日派許尚武長老來本教會佈達升格堂會，至此本會正式成為堂會。1994年二月起聘請陳重光牧師前來駐堂牧會，並於四月24日（主日）下午於本堂舉行獻堂暨首任牧師就職典禮。
1994年十一月20日（主日）成立「南福教會松年團契」，首任會長為盧昆山長老，副會長為郭宗德執事，書記為潘節子執事，顧問為陳重光牧師。
1995年十月7日（拜六）成立「社區日語班」，首期（十月至十二月）的學員僅11名，特別聘請莊美英老師任日語班老師，上課時間為每週六晚間八時起兩節。
1996年二月29日（拜四）上午10時召開「喜樂讀經班」籌備會於本教會，並於三月6日（拜三）上午「喜樂讀經班」正式成立，由本堂陳重光牧師帶領。時間是上午9點至10時30分，出席10人。
1996年三月2日（拜六）及5日（拜二）分別成立「社區書法班」及「社區國畫班」，1996年第一期（三月~四月）的學員分別是17名及10名，特別聘請魯漢平老師及賴淑慎老師任教。後來將這兩個班與「社區日語班」合併，改名為「社區教室」。
1996年七月11日到八月10日開辦「社區暑期快樂兒童營」，報名參加的國小學生達37名。有英語﹑日語﹑美術﹑作文﹑摺紙﹑陶土以及故事（宗教教育）等課程。
1997年三月20日中研社區組成的「四分溪合唱團」於本教會成立，每週四中午一時30分到三時30分練唱。「中研之聲合唱團」於七月5日假本教會成立，利用周六晚間七時到八時30分練習（十月份起改為周二晚間）。
1997年四月6日召開臨時會員大會，舉行陳重光牧師續聘監選，中會派溫宏欣牧師及高李麗珍長老前來主持。結果順利通過，任期六年（1997年～2003年）。
1997年十月20日租得研究院路二段12巷57弄8號1樓房子為牧師館，十月30日陳重光牧師全家搬入牧師館。
1997年十一月23日（主日）成立「南福教會少年團契」，會長 -- 蕭泓﹑副會長兼服務 -- 陳子莘﹑靈修兼司庫 -- 劉慕晨﹑康樂 -- 盧昶維﹑輔導為孫敬全。
1998年一月5日（拜一）晚間成立「南福教會社青團契」，選出會長 -- 沈裕盛﹑副會長 -- 陳秀如﹑書記 – 許佳玫﹑會計 – 黃淑蕙﹑顧問 – 劉堅望長老﹑陳明富執事。
1998年一月18日定期會員大會中通過更改本教會名稱成為「中研教會」。行文給七星中會報備，經七星中會台基長（47）（星）委字第016號函回覆後，自三月1日（主日）起，正式宣佈更改本教會名稱為「中研教會」。
為著增加會友間的彼此關懷，婦女團契自2000年一月1日起，將全教會的信徒分成三輛關懷列車：信心號列車、愛心號列車及榮光號列車。每輛列車皆設有列車長與駕駛員，負責關懷各輛列車內的乘客。
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