瑞芳教會歷史沿革，先追溯到1873年馬偕牧師初次到雞籠（基隆）佈道的記事。1875年馬偕牧師又經由艋舺、錫口（松山）、三重埔（南港）到雞籠佈教。租房子設立禮拜堂，當時有高振長老（後也做傳教師）的努力協助，6月27日禮拜日上午舉行雞籠禮拜堂設立典禮，就是現今基隆教會的設教史。

後來拓展佈道，到了1919年基隆教會林清廉牧師、葉金木牧師（本會葉天隆兄弟的伯父）與徐春生牧師（松山教會）等有見於佈道的需要，3月10日就在柑子瀨（舊瑞葛－現在的瑞芳鎮柑坪里）開設講義所，即是現在瑞芳教會前身，為瑞芳設教的開始。並任楊漳傳道師為第一任傳教師，當時信徒只有五戶；有廖修慈與廖天河、余火旺、簡清海、趙秋金、王荐與梁古錐等，同年12月舉行最初聖禮典施行洗禮。1924年10月5日首任長執就任，有沈瑞長老、林榮茂長老、余火旺執事、廖天河執事，1932年講義所成立為堂會，未成立堂前隸屬於基隆教會堂會，瑞芳教會獨立為堂會後，1936年聘請卓恆利牧師為第一任牧師，5月12日舉行封牧竹典禮。

1939年因教會信徒日增，當時禮拜堂不敷容納。便計劃新建禮拜堂，由余火旺長老奉獻位於龍潭堵土地（即現在禮拜堂所在地），余聰明擔任建築設計，並積極進行建堂工程。1939年8月27日落成，教會由柑子瀨遷出到新禮拜堂，舉行讚美禮拜，而後等禮拜堂內部天花板完成，再舉行獻堂典禮。

整個教會歷史沿革從佈道、設教、建堂種種過程，可見歷代牧長信徒的同心同工就如經上所載「報福音傳喜信的人，他們的腳蹤何等佳美。」