主後1933年九份地區未開設教會之前，由雙溪長老教會會友連阿華來九份輕便路租厝住，即請雙溪長老教會卓開日牧師前來主持家庭禮拜，也和當地開業醫師詹添木及其岳父黃水池醫師等一起協理聖工，努力傳播福音，並連絡鄰近的瑞芳教會沈瑞長老、會友林澄發弟兄等前來協助，自彼時起聖工發展。

主後1934年租屋正式開設佈道所聚會禮拜，當時歸主戶數只有5,6戶，參加禮拜人數共15名，第一任傳教師卓輝力傳教師。在此之際，信徒迫切需要一處可以獨立聚會的地方，於是在熱心事主的詹添木長老傾囊協助下，興建了聖殿，建好之初，由外地購得木材，再以經便路運載到，由信徒一一搬到會堂，聘人製作，得以在1937年4月28日舉行獻堂，1938 年9月29日昇格堂會，為事工需要於1939年8月19日聘請卓輝隆牧師為本堂首任牧師，此時正值九份淘金熱潮，引來了大批外來客，教會在卓牧師及詹長老、會友的熱心傳道下，人數驟增，達一百多人，會堂座無虛席，甚至晚來都得再排椅子才有位子可坐。卓牧師在任期間，致力於福音拓展，常到金瓜石礦業會社，引領會社職工參加聚會或聖歌隊，而詹長老及長執也盡力配合教會事工，從老一輩口述得知，詹長老隨時帶著醫師用具包，只要看診完就直接到教會，若有人請診一定可以在教會尋到他，可謂教會即是他的家。教會此時的興旺可說不輸廟宇，甚至會內各宗派教會爭相目睹九份教會盛況。是時，也曾遭遇兩次颱風吹倒會堂及牧師館，後由會友熱心籌措再次修復。

1937年爆發了第二次世界大戰，人們紛紛遷徙他處避難，僅有部分信徒留下，然這些信徒受到壓迫，官方常於會中來巡視，且限制只能用日語聚會，卓牧師也於戰爭中被抓，當時教會可謂陷入停頓狀態，一直到戰爭結束後卓牧師才被釋放，而教會已不如往昔了，戰後經過了一段沉寂後，教會雖有一段時期稍有起色，是時教會年輕輩起，聖歌隊員整齊、歌聲優美，似有重燃教會興旺之火，然因謀生不易，信徒漸漸遷往大都會－－台北。

教會也曾於1964年7月及1966年間再遭遇兩次大颱風吹損房屋，那時信徒只剩下19戶，其中戶內只有1人信主者占7戶。雖人數不多，但忠心事主之心不滅；聽老一輩口述中得知，每於颱風來襲，信徒放下已是漏雨滿地的家，冒著風雨到教會修補屋頂，每年暑期來到，信徒便犧牲手邊的工作，到教會擦柏油屋頂。這些默默奉獻的先輩們留下信仰的佳美腳蹤，傳承在現今後輩的信徒心中。

因教會人數日漸減少，教會經濟陷於困頓，不得已乃向中會申請補助重修會堂及繼續補助教會所需之經常費，也因七星中會缺少牧者，教會也一度沒有牧者，又因九份教會地屬偏僻，氣候濕冷，牧者經常遷調，一直到1973年鄭信德傳道開始，傳道人才有久居九份教會。鄭傳道6年、張開傳道9年，張開傳道到任時七八十歲，年紀雖大，但身體硬朗，熱心致力九份福音事工，忠心盡職，教勢漸興，深得信徒讚許，直到1987年一月於搭車前往十分教會途中，因過度勞碌，中風倒地，一病不起，是年八月中會調派李美意傳道到九份教會直至現今。

九份教會於1988年再次重建，1990年6月10日獻堂教會當時信徒僅有8戶，人數僅一二十人，然在九份僑鼎力相助，及吳興教會詹牧師及吳興教會會友無私的奉獻心力下，教會也由原來的一層興建為三層樓，並在吳興教會牧師、長老深具眼光的規劃下籌建為靈修會館，這段建堂過程裡有著九份僑積蓄的投注、詹牧師不計酬勞的奔波以及九份信徒的通力合作，如今它高高屹立於九份，述說著  神偉大的作為。