雙溪教會始自一八七三年偕牧師從台北到噶瑪蘭佈教時,在此(頂雙溪)設中途休息站,積極向居民傳福音,並在鄉內行醫拔牙,福音漸漸在此滋長。第一所教堂在一八八七年三月完工,乃石牆茅草頂建築。今日之禮拜堂乃在卓開日牧師時期,經信徒同心協力、搬運砂石重建之鋼筋水泥聖殿,一九四五年完工。
教會首批受洗者只有成人及小兒各兩名,時一八八八年七月。在一九六0年代,信徒在牧者積極傳揚下頗有進展,曾一度座無虛席並還聘副牧師協助聖工。然因社會變遷,信徒遷移他鄉,人數大量減少,加上老卓牧師退修後,繼任傳教師註堂年限不長,至今教會之軟體及硬體仍維現狀。
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