五結長老教會創設於1960年6月6日，由羅東教會陳耀宗牧師與加拿大宣教士戈德恩博士(1953~1962在台服事)設立。五結教會的設立動機，因1960年羅東教會陳耀宗牧師以及長執，深感五結地區散播福音種子的需要，便在中路租下民房做為傳道事工之用，後來又加上花博士的帳棚佈道，有多人決志信主。於是就買下現有的土地，在賴愈哲長老的熱心協助下，終於在1961年七月十日舉行禮拜堂獻堂禮拜。

　　是年八月傳道部派陳福往傳道師，但由於傳道者的調動，教會事工無法拓展，也因而教命被關閉。直到1974年四月起，才在陳牧師的帶領之下開始傳福音的工作。由於關閉時期，教會的荒蕪以及受到嚴重破壞，於是請蘇澳教會的簡阿色執事夫婦前來照顧管理，使教會有了清新整潔的環境，她殷勤傳福音帶領多人信主。另有羅東教會蘇秀淳執事熱心事奉，使主日學和青年有穩固的聚會。自1987年起更有台北的李小姐，連續三年熱心投入教會服事；無論教育、修建、奉獻等各方面不虞餘力，使教命事工繼續維持。

　　1974~1992年間大部份為兼任道幫助教會事工。至1992年請南方澳教會的莊輝力執事來前往協助教會事工，其間莊執事除一般事工外，也致力於整修教堂缺損處，並加蓋了舒適的牧師館，1995年八月莊麗惠教師夫婦接任，全職傳教師四年。1999年7月莊麗惠教師離任前往雙溪教會牧會。沒有牧者期間由小會議長王英世牧師及羅東教會長老負責主日禮拜講道，並申請神學生負責主日學及青少契事工。

      2000年中會正式來函將五結教會事工由傳道部轉交羅東教會全權負責，8月起羅東教會小會聘請陳伯杰先生夫婦駐堂協助各項事工。五結教會推動社區宣教，以發展家教會為目標：活出信仰，蒙受義人之福，凡腳掌所踏之地成為應許之地，成為社區屬靈守護與祝福中心，舉辦急難救助訓練，以及國小、國中、高中的弱勢學生課輔、體驗教育、得勝者志工訓練等，使青少年的身心靈得到成長。2014年起進行禮拜堂改建計畫，使教會有更完善與安全的空間，有助宣教事工發展。