未設教會之前，馬偕牧師經常乘船來此向沿海平埔族漁民傳福音；至一九一四年馬偕牧師看見大南澳的需要，而差派他的學生潘水土傳道前來開拓而創立本教會。不幸，於一九四三年禮拜堂失火燒毀。七年後再設教會，由游習卿長老駐任，教勢有所發展，於是在一九六O年向國有土地財產局承租現址為禮拜堂。不幸於一九六七年七月波密拉颱風將新建不久的禮拜堂吹毀，因信徒無力興建聖殿，又因信徒紛紛遷徙他處，因此會友就在徐木火家聚會。幸蒙七星中會第十八屆春季議會（民國五十八年一月三日），議決以該年復活節各教會獻金協助本建堂。一九七O年七月復蒙蘇澳教會任職者蔡發淇以及羅東教會陳耀宗牧師與諸牧長、愛主兄弟姐妺等的鼎力相助得以新建禮拜堂。
一九九八年為擴展傳道事工，想將原來地處較偏僻的教會，遷移到較明顯、交通較便利的地方，幸獲得葉豐盛牧師的媽媽同意借用該屋，而於該年十一月十五日遷移到南澳火車站前，繼續馬偕博士的傳道事工。
我們期待近日能把向國有土地財產局承租的舊教會土地（約二百坪），承購下來，讓大南澳教會擁有自己的教會與土地，進而能成為大南澳的社區中心，推展聖工。
