福音來到艋舺地帶是早在馬偕專士來北部傳道之十二年前就發生的，而艋舺教會是馬偕博士所建設的第十二個教會。艋舺教會起初設立於救主降生1876年3月14日，租屋在武營頭萬安街仔（現龍山國中後面）。當日開堂式計有傳道師，會友從四方來的來賓共有三十四人，觀眾也甚多。過了數天艋舺的武營就計謀來阻擋說：「那處建設禮拜是不成的，因屬官地」。故先後經六次的行文向英國領事官交涉終未獲果。

　　要後認為無法阻擋，就捕房東關在獄中。偕牧師因可憐該房東，就對武官說：「你若釋放他，我才肯改租」。該房東果然得著釋放，所以就遷租在草店尾街（龍山區公所對面）。當時艋舺的頭人、書生、三大姓全部蜂湧而出阻擋說：「有三大姓，就沒有耶穌教，有耶穌教就沒有三大姓，你若不趕快離開艋舺，就要被破壞你的禮拜堂。」到了1877年4月8日上午九時艋舺全街的民眾打鑼吶喊，衝入禮拜堂，並由三大姓的工人一千多人加以拆?，於當日下午九時才全部拆光，不留張瓦片牆，然後分散而去。

　　那天偕牧師適恩前往水返鄉（汐止）及鍚口（松山）巡視教會，聽到這個消息就馬上趕回艋舺。那個時候，眾人看見了偕牧師回來，就說：「蕃仔牧師來了」，有些人說：「要打死他」，有的人說：「要捕他」，再有人說：「要殺死他，要用石頭打他」。但因為人多，恐怕打到別人。那個時候，偕牧師卻站在眾人之中全然不怕。不久大稻埕的伍行有十三位的外國人和他們的工役一百多人都帶著刀銃來，想要保護偕牧師。過不久政府的官員也到，同時領事官和醫生也從淡水趕到。那天在艋舺竟釀成場面極大的擾亂。

　　官史對領事官說：請偕牧師回大稻埕，因日將晚了，恐怕亂徒越來越多，難以保護。偕牧師不須離開，他們就越加殷切勸慰，懇求他必須離開。偕牧師就對領事官及其他的外國人說：「日將晚了你們快回去吃飯」。他們答說：「你若不回與我們一同回去，我們就不離開」。到當晚十點鐘偕牧師才和他們一同回到大稻埕。官吏才安心下來，然後捕了三個亂徒，同時賠了白銀120元。那時適是蕭田先生在那裡傳道。

　　到了一九七九年就在八甲庄（現址）買地自建禮拜堂（這是第一次建堂）。至當年11月16日才竣工落成舉行開堂式。那時出席者計有傳道、會友及參觀者共157人。偕牧師對艋舺人士說：你們若拆歸這座禮拜堂。我就要建一座比你們廟宇更高。」當時艋舺人士看禮拜堂建在八甲庄是屬城外，就放鬆阻擋。

　　至法國攻擊台灣時，惡徒就再將禮拜堂拆平。當時正是陳雲？傳道任內。偕牧師領事官就拜訪劉銘傳欽差，再以此事陳訴交涉，他說：適在擾亂中，照顧雖不能週到，但可安心，被拆的那個教堂建築費多少，都可照價負責賠償，重新建。至1884年3月7日才竣工舉行落成式（第二次建堂，設教八週年），那天有八人受會，並有傳道、學生、會友等由等地趕來赴會，甚至踴躍，同守聖餐紀忥主，觀眾也甚多。

　　那天偕牧師講道用希伯來書十二章八節「耶穌基督昨日今日一直到永遠是一樣的」，也對艋舺人說：「從前的禮拜堂是用泥土造的，是小的，現在建的是用石頭，又是大的，有塔比你們的廟宇更高，若你們再拆?，我就用鐵來建造」。艋舺人士看那禮拜堂的塔建的那麼高，並沒有阻擋什麼，反而說是「艋舺的風水塔」，也就是「三哲雄塔」（因當年艋舺有三個人考取秀才）。從那時候起那些與教為敵的人，有的信了主，有的也做了做朋友。當偕博士要回國休假時（1893年8月14日），他們有贈他傘，也有許多人用鑼鼓八音歡送他到海岸。

　　教會從此越見興旺平安經過。到1906年4月3日就敦聘陳清義牧師，此乃成立中會後第一個獨立的教會。教會的人年年增加，禮拜堂因狹小，就增建教堂的兩側，自從1922年興工全部改築至1923年3月來才告完成（第三次建堂）。這個禮拜堂可說是艋舺禮拜堂第五次的重建，乃是用磚、石和鐵建造的。

　　第四次建堂（1983年6月5日動工1986年2月全部完成。）適值一百一十週年設教紀念大廈，艋舺教會全體長執信徒有感於上帝之宏恩及偕叡理牧師獻身傳教之偉大精神，議決奉獻興建新堂紀念先人並藉此致力傳揚基督福音，拯救更多失喪靈魂，榮耀上帝。