一、新莊教會的前身，後埔仔禮拜堂設立
即今日新北市三重區二重埔派出所後方)，就在偕牧師與他的學生沿著淡水河岸醫療傳道中設立的第十間教會，設立原因不詳，以下引述自「馬偕博士日記」中幾段，約略了解設立教會的過程。
1873年11月03日，到後埔仔及新莊等地佈道。教學生們地理、人體構造、植物學、新舊約、先知及使徒的來歷。1875年04月10日，在新莊為很多人拔牙，然而到溪洲（今之中和）佈道。1875年06月14日，到新莊廟前傳福音並醫病、拔牙，有一個衙門的差役前來干涉，叫村裡的人不得聚集聽我講道，但村裡的人反而叫差役不要干涉他們。那差役自討沒趣的走了。這裡有許多人抽鴉片，我們住的地方都是鴉片味。
1876年01月16日到後埔仔，預備在該地設教，但還沒有找到機會，同年06月18日已記載今天後埔仔教會落成禮拜，隨後這些日子都在後埔仔鼓舞教會信徒，因此，1876年06月18日為新莊教會設教的日子。

二、後埔仔禮拜堂遷移新莊
不過，在夏天，這禮拜堂被火燒毀，偕牧師於1877年05月18日，從大龍峒寄出的報告函裡敘述說：我帶學生離開淡水到後埔仔滯留一個月以上，該地信徒自立所建的禮拜堂於去年夏天被毀壞，福音的敵人們想毀壞禮拜堂自會阻止教勢的進展，但此時該知道是錯了。信徒在原地雇用泥水匠，在原址重建禮拜堂，新禮拜堂於1877年4月8日重建完成，有250人以上參加盛會，現在掛在禮拜堂一樓大廳之木刻匾額「耶穌聖教」所題日期（耶穌降生一千八百七十七年，光緒三年二月），就是落成當天掛上的。嗣後，因後埔仔地方有水患關係，禮拜堂重建5年後，教會遷移到新莊，新莊禮拜堂落成於1882年03月19日。這是新莊教會第一次遷移。新莊教會經過三次的遷移，1953年11月18日黃塗獅執事奉獻現今武前街27號土地三筆，計有0.0915甲約268坪贈與教會。在蔡長義牧師牧養期間著手規劃遷移建堂，1960年10月2日建堂定礎立基，於1962年12月02日完成獻堂。1974年當年認泰山明志教會為子會，1976年新莊教會設教百週年，為紀念設教百週年，成立中港佈道所，1980年03月16日昇格為堂會。

三、現今的新莊教會(設教137年)
經過歷任牧者建立美好基礎，第四任廖惠明牧師在新莊教會牧會30年，於1997年12月30日盡程退休，1998年09月27日聘施聖導牧師為第5任牧師，禧年樓是在施牧師任內興建，施牧師於2000年09月01日離任赴美，2001年05月06日聘游博宏牧師為第六任牧師牧會迄今，期間聘任符明勝牧師為教育牧師，至2010年06月離任。同年八月聘任胡育銘及林丞鈞夫婦為傳道，並於2013年06月16日封立為教育及關懷牧師，建立新的團隊事奉。教會在游牧師的帶領下，積極參與大新莊地區合一宣教事工，推動辦理平安七月節及籌辦以「神愛世人，相約永恒」為主題的2004年台北縣宗教藝術節，與公部門及地方鄰里建立良好的互動關係。
2002年元月起開設第二場禮拜，針對比較聽不懂台語的會眾開設華語禮拜，使他們能明白福音真道。同年全面整修禮拜堂，使禮拜堂更具有多功能的用途，使禮拜的氣氛更為莊嚴溫馨，2009年03月30日完成購置武前街23號作為教會社區福音中心，並積極推動教會社區宣教的事工。

A.教會社區事工：
1.校園事工：a.推動新莊國小彩虹生命教育。b.與新莊國中合作，於本會社區福音中心開辦弱勢家庭學生免費課業輔導。
2.醫院事工：與新莊署立醫院合作，每三至四個月於門診大廳舉行詩歌佈道，聖誕節期至病房報佳音。
3.救助關懷事工：設立1919救助站，建立食物銀行，並與失親兒基金會合作，關懷新莊區的失親兒福音事工。

B.教會牧養模式：
1.2009年第四次小會決議，採用TCC新加坡三一基督徒中心的開放式關懷小組牧養模式，成立領袖小組及開放式關懷小組，提供各方面的領袖訓練與諮商，包括轉化教會七步驟、屬靈家長與關懷小組組長、關懷小區長訓練，及內在醫治全人整全與靈命轉化事工。轉化教會七步驟是建立關懷小組最基礎的訓練，建造領導根基，裝備每一個人積極參與事奉，引導教會邁向倍增。
2.TCC小組教會模式：兩條軌道
a.訓練軌道：在聖經、生活和服事技能方面提供訓練。
b.關懷小組軌道：開放式的關懷小組（佈道與栽培、牧養關懷、領導
發展）領袖關懷小組（領袖發展、門徒訓練）。 這兩個軌道共同提供了一個強而有力的領袖發展道路，會產生遵從大誡命和成就大使命的信徒。
3.教會文化的建立：
a.佈道文化：在開放式關懷小組中，每一個信徒都被訓練和差派去佈道，看見信徒生命的成長，透過使用《生命冊》來影響生命，並且能帶領人信主。
b.栽培文化：每一個人得到適當的栽培，直到成為屬靈家長，可以促
進屬靈的成長和果效。
c.領袖發展文化：新的領袖不斷被發掘、受推薦，領袖不斷地在知識、品格和技能方面接受門徒訓練，使得領袖基層持續不斷地擴大，促進異象的擴展。
d.教牧關懷文化：每一個人都受到牧師和領袖細心的關懷。  
      我們還在努力學習，透過各項社區事工的推動，把人引領到教會，透過開放式關懷小組及團契的牧養，藉此讓教會能夠轉化，得救的人數日日倍增。