一、清領時期的草創開拓
1871 年，加拿大長老教會差派的宣教師馬偕（George L. MacKay，又稱偕叡理，1844～1901）抵達打狗（今高雄）。他是一位毅力堅定又有遠見的宣教師，一心效法使徒保羅的精神「不在基督的名被稱過的地方傳福音」，決定到北部開拓。1872 年，李庥（Hugh Ritchie）、德馬太（Matthew Dickson）等人陪同馬偕乘船北上，3月9日抵達滬尾 （今新北淡水），揭開北臺灣宣教史的第1頁。1901年6月1日，馬偕因喉癌病逝。
馬偕來臺初期，曾向李庥學習一些會話，但成效有限。為了快速掌握新的語言，他主動向牧童學習，彼此交談，並運用字典研究漢文結構，5個月後就能以福佬話講道，來臺第3年甚至編寫了《中西字典（Chinese
Romanized Dictionary of the Formosan Vernacular）》。馬偕不但在1878年娶本地女子張聰明為妻，過世後葬在現今淡江中學內，可謂「認同臺灣」的典範人物。
1872 年4月10日，亦是淡水教會的設教紀念日。透過洋行的幫助租得一間民房，其位置大約在現今馬偕街 24 號後方，其便是最早的淡水教會，那是設教之初的聚會地點；該年的 4 月 14 日是搬入後的第1個主日。
經過辛勤的宣教，1873年便有5位臺灣信徒洗禮，分別是嚴清華、吳寬裕、王長水、林孽，林杯。這5位受洗者成為馬偕的學生、淡水教會第1代的信徒，以及臺灣北部教會的基石。1890年，馬偕從龍目井大地主陳阿順手中購得今日淡水教會的地皮，翻修地皮上之「偕醫館」之醫生宿舍作為禮拜堂。
淡水教會從清領發展至今日有長遠的歷史，現今淡水教會成為了強而有力的地方教會，也是淡水地區指標性的教會。
二、日治時期的開始牧養
1895年臺灣進入日治時代，因環境變遷的緣故，「淡水」這個名稱僅等同侷限在滬尾，因此臺北廳呈報總督府地方課進行改稱，使得1913年原名滬尾教會改名為「淡水教會」。1904 年，吳威廉（William Gauld，1861～1960）成立北部中會，該年10月召開首次中會，會中規定牧師規則，也對堂會遴選牧師予以制度化。之後各教會便在完整的規定之下，陸續獨立為堂會，並完成首次制度內之牧師聘選。1919年開始，淡水教會進入牧師時代，進行牧會的事工。
淡水教會當時除了本地信徒之外，十分依賴淡水中學、淡水女學校等所帶來的人力資源。這些外來人口逐漸和教會在地人融合在一起，形成第2代的信徒。淡水中學設立之後，該學校的學生成為淡水教會的主要信徒。由於淡水中學是寄宿學校，每個禮拜天老師都會把學生帶到淡水教會來作禮拜，當時禮拜堂坐滿淡水中學的學生。
1937 年「七七事變」發生之後，日方開始強迫教會配合「國民精神總動員」，隔年在禮拜前還要唱日本國歌、遙拜天皇。無奈禮拜形式的改變，所帶來影響衝擊較大的是流失學生信徒與失去外籍宣教師資源。再者，淡水中學與淡水女學院被日本政府接收，學生不來參加禮拜，外籍宣教士陸續被迫回國，這對淡水教會來說是很沉重的打擊。
三、戰後時期的教勢增長
2次大戰結束之後，信徒漸漸從疏散地回到淡水，聚會人數開始回穩。淡水中學與淡水高女從日本人手中收回，學生又回到禮拜教會參加活動。直到1965 年 12 月，淡江中學宣布學生自此在學校新蓋的教堂中禮拜，才停止淡水教會與淡江中學學生密切的關係。
1945 年臺灣結束日本的統治，面對新時代的來臨，淡水教會很快的有了應變。首先是「漢文班」的開設教授中文與北京話。1947 年，1隊海軍進駐淡水，他們所屬中國海軍第1測量隊，隊長為羅榕蔭。因為淡水教會在2次大戰末期有將禮拜堂借給日軍駐防的前例，所以教會循例將禮拜堂樓下租給中國海軍第1測量隊，開始了淡水教會與外省人首次的長期接觸與傳教，而這些海軍軍人當中不少人在淡水教會受洗成為基督徒。
1949 年國民黨撤退來臺之後，外省信徒較之前增多，不久後主日禮拜需要翻譯。後來外省信徒繼續增加，1950 年就變成了早上是臺語禮拜，下午另外舉行國語禮拜的「二部制」。經過多年的努力發展，終於在1967年成立獨立的堂會， 即現今「淡水國語禮拜堂」。
關於幼兒教育發面，戰前教士會所開辦的幼稚園令本地人印象深刻，而戰爭開始後教士會將鋼琴等設備及物品連同經費贈與淡水教會。戰後淡水教會決定 繼續這項教育的責任，因此開辦了重光幼稚園，對早淡水地區的幼兒教育有很大幫助。
1950 年代，正值臺灣長老教會推行「倍加運動」，淡水教會同時展開1連串的佈道活動、培靈奮興和查經熱潮，增加不少淡水本地的信徒，在各地設立佈道所，此時期是淡水教會十分活躍。當時候，淡水教會的平均受洗人數也從1954年的154人上升至1964年的180人。雖然無資料直接說明倍加運動與淡水教會在這個階段的關係，但或多或少影響在佈道上的氛圍。但可惜過去開設眾多佈道所由於人手不足，加上無法與地方發展相結合，現今只剩小基隆佈道所存在於三芝地區，現改名為「偕叡廉紀念教會」。
隨著1970年代的臺灣經濟起飛，不管是經濟還是社會結構都發生相當大的變化，連帶影響淡水教會的宣教方式。1970年夏天，淡水教會在與長執座談會上討論該在何處設立佈道所，會中先後提出了北新莊、甘蓁林等地，最後認為竹圍是最適當的地點。有鑑當時美國飛歌工廠在此設廠，許多工業跟進，加上馬偕醫院竹圍分院亦即將完工，同時馬偕護校核准立校。根據種種的情況顯示，在竹圍設立佈道所的時機已經成熟，因此於該年8月議決將開設「新竹圍佈道所」。開拓教會的工作陸續進行，分別在1996年三芝淺水灣開設佈道所、2001年淡海社區成立福音中心。
這段期間，對內有重要的硬體建築，即1979年元月，淡水教會建立馬偕紀念大樓；這是教會目前重要的活動空間。1980年代中後至 1990年代後期是淡水教會增長最明顯的時期，淡水教會信徒成長兩倍餘，當時適逢教會面對世代交替，這段期間淡水教會進入團隊服事的階段。
1999年開始，淡水教會嘗試多元的敬拜方式，而淡水地區基督教會也開始增加，教會本身亦加強與淡水地區諸基督教會的聯絡與合作。
四、覺察新時代的契機
從2000年開始，教會必須面對社會的轉變，整體宣教觀從信徒為中心擴展到人民為中心。往這個角度所發展的教會事工，即是當時候臺灣基督長老教會總會正在強調上帝國宣教的路線。
2008年開始，教會不但將偕醫館咖啡館開幕，青年自願擔任館內服務人員，進行導覽相關歷史的解說，同時述說福音見證使遊客認識基督、認識淡水、認識馬偕。同年，與教會比鄰而立的夜梅花茶室拋出出售的訊息，在考量教會社區宣教與空間使用的前提，隨即召開臨時會員和會經會友的支持與同意之下，通過購買該土地，作為現今的宣教中心。
2009年，籌設淡水鎮馬偕好厝邊關懷協會，隔年舉行成立大會。當年，教會加入臺灣基督長老教會松年大學，提供給銀髮族學習成長和休閒交誼的場所。此時，宣教中心不但有松年大學使用，包括還有社區文教、營造和在地文史工作。開辦松年大學的過程中，在主客觀因素的挑戰之下，在2016年誕生第1屆畢業生。教會進入社區，藉由大大小小的活動讓其居民能夠更接近教會和親近教會，並且運用教會豐富的文史資源，連結在臺灣基督長老教會整全宣教6面向的「福音與文化」，進而落實上帝國的宣教。
2020年，礙於全球遭遇武漢肺炎的襲擊，教會禮拜和聚會都受到影響；2021年5月更因政府宣布第3級警戒防疫措施，迫使教會暫停實體禮拜和聚會，面臨線上直播的操作。直到8月份，經主管機關核准之下有條件開放室內空間人數，教會才陸續恢復實體禮拜和聚會。9月則是同意移居臺灣的香港基督徒，借用本會宣教中心作為禮拜和聚會，正式掛牌命名為「淡水香港教會」。
同時，有鑑教會內部馬偕紀念大樓屋況不佳，而且經檢測結果為海砂屋。即便在防疫期間，會友們重視大樓的安全性，依舊出席臨時會員和會表達同意進行該大樓的拆除與重建，冀盼該大樓在2022年順利完成工程，作為設教150週年獻禮為主所使用，並且在社區成為盼望的記號。
教會禮拜堂沿革
淡水教會自創立至今，前後經歷了五個聚會場所：
〈1〉1872年4月10日，今馬偕街 24 號後方。當時本為清朝官員要作為馬廄， 在寶順洋行約翰•陶德（John Dodd，又譯為杜特、杜德、道約翰、德約翰、馬偕稱為「道先生」，1838～1907）的幫忙之下，馬偕以此為他的住所、診所及學校。
〈2〉1873年，今淡水鎮中正路 294 號後方。另租此屋為禮拜堂，以原租屋為診所。
〈3〉大約在 1890 年，今禮拜堂址。改建原為偕醫館之醫生宿舍。
〈4〉1915 年，今禮拜堂址。因原先教堂老舊不堪，因此改建為俗稱「白色禮拜堂」之北美式禮拜堂。
〈5〉1933 年11月28日獻堂，今日之禮拜堂。1928
年「白色禮拜堂」容納不下現有信徒人數，因為淡水中學學生都來此作禮拜，並且為了紀念設教六十週年，因此決定重建計畫。值得一提的是，教堂的設計督工是偕叡廉（George William Mackay，1882～1963），其為馬偕之子；另外負責施工之匠司為洪阿樹，他的父親洪阿泉曾經與馬偕搭配建立了偕醫館，所以淡水教會為馬偕與洪阿樹之第二代共進行之工程，別具意義。
建築特色
這座禮拜堂是一棟仿歌德式的建築，採用扶壁，柱頭飾以小帽尖裝飾。內部採用當時候盛行的加強磚造有鋼筋的RC柱及樓板，以大誇距的鐵骨承托住屋頂，再以木板作天花板；外牆名匠樹司紅磚砌出變化有序的壁面。禮拜堂最大的特色是右邊高聳的鐘塔直聳天際，宛如祈禱的手。
1986年，屋頂因傳統屋瓦維修困難，故採用進口鋁質浪板全面翻修，也將傳統玻璃改為鑲鉗彩色玻璃。教會正面有著聖父、聖子、聖神「三位一體」，鐘樓是「五餅二魚」及「客西馬尼祈禱」的基督教聖經故事，更為這美麗莊嚴的教會錦上添花。同時，淡水教會配合著淡水風光成為有名的觀光景點、畫家寫生的最愛。
