清道光，咸豐年間，先民從大陸移民，在中港登陸，或在港口附近定居下來，或進入內地開墾，土牛庄就是一個內地的村落。附近有一個市集，名叫「斗換坪」（就是在在的斗煥坪），是先民和山地居民交易的地方（台語「斗換」就買賣、交易的意思）。

　　馬偕博士第一次沿西海岸徒步旅行時，曾經來到中港及內地傳福音。時間差不多是1880年6月前後(註1)，1822年2月16日馬偕博士設立了中港教會，1895年6月4日日本軍登陸台灣，在日軍登陸之前，一些台灣人懷疑基督徒與日軍串通，因此基督徒蒙受種種逼迫，日軍佔據台灣後，軍方又誣指基督徒唆使民眾抗日，而大加捕殺，在這期間中港教會被迫關門。(註2)逼迫期後，經原屬中港教會，住在土牛庄的信徒奔波籌劃，於1909年中港教會復會於土牛庄，改名為”台灣基督長老教會土牛庄禮拜堂”，並於中港街上，慈禧宮右邊的民宅分設中港教會。1914年8月29日中港教會歸入土牛庄教會。

　　日據時代，中港及其內地（也就是現在的竹南、頭份）都隸屬於新竹廳竹南一堡。由於土牛庄是先民住處，而斗換坪是市集，是故，斗換坪日漸繁榮，取代了土牛庄的地位，所以教會遷往斗換坪，改名為”斗換坪禮拜堂”。後來，頭份又取代了斗換坪的地位，教會又遷往頭份，改名為”頭份禮拜堂”。

　　1935年~1936年間，台灣發生大地震，苗粟地區災情慘重，頭份禮拜堂所駐之民宅亦不能倖免。那時日本基督教聯盟適時提供三千圓輔助三間教會重建禮拜堂。經北大開會審議，頭份禮拜堂被列為被輔助的三間教會之一，日本基督教聯盟提供輔助是有附帶信件的，就是要選擇交通方便的地點設立禮拜堂，竹南正位於鐵路山、海線的交會點，因此教會建設委員會林彼得牧師和其他委員選擇現在竹南教會位址興建禮拜堂。1936年4月第一個主日教會正式遷來竹南，暫駐民宅，改名為”竹南教會，1939年8月15日教會獻堂。

　　後來在頭份地區成立佈道所，頭份地區的信徒就在頭份禮拜堂，於是竹南教會和頭份教會使分家了。

(註1)按照教會所留存的資料記戴，信徒陳禧年先生於1880年6月聽道，並於1884年光緒10年10月20日受洗，施洗牧

　　  師就是馬偕博士，他是可查資料中最早聽道，最早受洗的信徒。 

(註2)當時馬偕博士請假回國。