主後1890年（清光緒十六年）年前，苗栗客家庄尚無人認識救主耶穌的聖名，自福音種子撒在黃哲臣弟兄，他歸主後與本市又有二名慕道友邱永發和黃阿喜兩兄弟，三人領受著主的真道萬分歡喜，盼望能有更多的人得救，乃聯名請求當時由加拿大長老會差會派來台灣傳教的偕叡理牧師來苗栗設教，果得偕牧師答應，即於同年秋天在苗栗街坑仔底（今高苗里）地方租賃民房一間舉行開典禮，暫時做佈道之用，並派劉澄清傳道師駐堂工作傳佈福音。後1897年遷田寮庄(今福星里)，1905年再遷回坑仔底，1907年遷芒埔(即現在建功國校對面)建禮拜堂，至1918年遷現址新禮拜堂。

　　1935年4月21日，適逢復活節，上什六時忽然台灣發生大地震，禮拜堂全倒，翌立3月興工重建新禮拜堂，該堂係木造，佔地不大，年來會友增多，頗有不敷應用之感，至1967年發現禮拜堂木材朽壞多處，經會友提議，任職會會議決定擴建禮拜堂，同時由本堂林彼得牧師領導會眾一心迫切祈禱，會友熱心奉獻，蒙主悅納，乃於1967年(民國56年)9月3日開工至1986年1月17日完工，於2月3日舉行獻堂典禮。

　　苗栗教會創立迄今已近百年，（1890年~1990）經歷20任之傳道人在此服事和眾上帝兒女共同敬拜上帝，傳揚福音，惟願能繼續不斷地配合新時代的情況將永不改變的福音更加為地方百姓領受。