1950年，后里地區有部隊紮營以後，諸多外省籍家眷隨部隊遷移，定居后里，信主的弟兄姊妹遂相約前往墩仔腳教會參加禮拜。而後，墩仔腳教會有感於宣教使命，乃向美國差會任賜瑞牧師接洽來台協助在后里租屋聚會，並於1954年11月21日，成立「后里佈道所」。
1963年，經任職會多次商議，乃提出建堂異象，推選蘇文啟先生為建堂主任委員，潘克成、唐賢夫、劉偶潤、王淑芳、楊坤等為建堂委員，潘維貞為顧問，覓得現住址，即甲后路181巷14號，並於1964年3月27日由當時中會議長鄭連坤牧師舉行破土典禮，同年6月30日竣工，8月10日舉行獻堂典禮，並成立支會。
1973年10月25日秉請中會允准，成立石里自治堂會，並封立洪寬威牧師成為本會第一任牧師。1984年10月25日慶祝本會設教三十週年及建堂二十週年感恩禮拜。1987年增置建地87坪，1988年4月綜合大樓開工建築、預計12月完成。
