1982年底，龜山教會重建禮拜堂，全體會友遷移至桃園縣龜山鄉大同路409巷3號2樓（壽山教會現址）聚會一年多。1984年6月蕭爐鐘長老受聖靈感動，本著福音救人的精神，願意在壽山教會的現址創立教會，號召有志者共同開拓。起初，為了吸收周圍各教派游離失散的羊群，避免教派的敏感，因而未使用「台灣基督長老教會」的名稱，簡稱為「神的教會」。

由於蕭爐鐘長老經常出入祈禱山，因而認識汪敬仁教師，兩人決定合作開拓教會，正式聘請汪教師協助教會。因教會鄰近壽山國中，取名壽山教會。汪教師在壽山教會牧會兩年多，為了返鄉開拓教會而離職。神學生王大川、蕭美蓮自願接續事奉，有幾位原住民弟兄成為同工，人數倍增。後來，為了原住民族語，另外遷移至明德路設立教會，1989年成立聯山長老教會（屬排灣中會）。

1997年9月壽山教會由同工會通過，願意歸屬龜山長老教會的支會，並獲得龜山教會小會及新竹中會接納。土地、房屋等處分手續1998年12月底辦理完成，捐獻給壽山教會。新竹中會第59屆春季會議中，由蕭天河長老將所有權狀呈獻，產權歸新竹中會財團法人。

2010年提供銘傳大學龜山校區的大專長青團契聚會場地。2010年10月布農中會新農教會詩歌分享見證會。

2012年7月31日伊甸讚美合唱團帶領主日禮拜，讓壽山教會與其他教會交流互動。