神岡教會的創立，肇始於一九五三年大社教會潘舜卿長老與潘振聲弟兄二人每週到神岡街頭佈道，撒下福音的種子，有多人因而決志受洗成為教會初代信徒。一九五七年十月十五日中會議長李明意牧師、傳道部長林照牧師率員正式開設佈道所。一九五八年借神岡路122號聚會，1959年四到九月改租神岡路90號，10月遷回神岡路126號聚會。國際救濟總會發放救濟品，神岡佈道所為縣第七發放中心。1963年創辦私立神岡幼稚園。1968年鄭秀蓮執事不畏艱苦，奔走募款，購買神清路57號之現址60坪土地興建禮拜堂。1970年四月28日新堂破土典禮，1971年建堂完成，1972年一月一日舉行獻堂感恩禮拜。
最近十年史：
   1989年四月卅日賴貫一教師就任大社教會副牧派駐神岡教會，十月八日以250萬元購神清路38-8號樓房作教育館，舉行獻館感恩禮拜。1990年因購教育館向忠孝路教會貸款。教堂土地被畫為公園預定地。1991年十月17日賴貫一牧師因關心台灣前途被捕，十一月獲交保。1992年十月25日賴牧師因致力台灣建國再度入獄，母會大社教會通過賴牧師續聘，十二月八日獄中獻聘，為台灣首例。1993年成立社會公義工作室，八月一日賴貫一牧師離任。1993年第四任傳道師羅光喜先生到任。1995年十二月三日教會升格為堂會並羅光喜教師封牧就任為第一任牧師。1996年長執會成立社會公義組，配合台灣省社區關懷協會進行社區居家老人服務。1997年十月12、15日舉行設教四十週年感恩禮拜與佈道會慶，紀念本會歷代兄姐的與主同勞，以及上帝鴻恩。1998年七月底羅光喜牧師離任前往美國芝加哥大學攻讀舊約聖經博士課程。現任牧者-周神志牧師(2003年)。