本教會最初由英國宣教師梅甘霖牧師來傳道，由於當時清水地方極為迷信，信徒不多，且常往返於大社間，多感不便，主後1895年4月，始議租屋為敬神所，主後1896年，南部大會派遣首任傳道師楊福春來清水傳道，起初租民家於崎仟頭，聚會3年，信徒日增，主後1899年，改租民家一棟，在埔姜林聚會17年，至主後1917年，蘇育才傳道師與蔡介和長老首倡募捐，始興建磚造之會堂於現在之地點（拜堂係坐東朝西），當時稱為牛馬頭基督教會。    

主後1935年，台灣中部大地震，災情慘重，聖殿完全倒壞，當時黃侯命牧師受派為中部震災教堂重修委員，與在任之羅文福牧師同心鼓舞，又得萬丹李仲義長老應援資助，重新建造現今木造拜堂（坐北朝南）主後1937年6月23日獻堂、改名為清水基督長老教會。  

 主後1945年(民國34年)第二次世界大戰日本投降，本堂地址改為清水鎮文昌里中興街40號，至主後1950年賴仁聲牧師在任時整修禮拜堂，將前面木造外牆改建磚造，慶祝設教55年，教勢得上帝保佑復興，主後1961年，郭中立傳道牧會時，增建禮拜堂後面做為主日學教室，改建廁所及拜堂內部改修。    

 主後1959年，住在梧棲的幾10戶信徒，由於距離教會較遠，故有分設之議，並獲得蔡篤驛先生之願意提供場所，本會購買房屋壹棟，設立梧棲支會，於主後1961年8月，昇格為堂會（現在改名為台中港教會）。主後1961年1月沙鹿信徒蔡金雄等數名住沙鹿鎮會友呈請設立沙鹿佈道所，由本會資助租屋，於同年4月6日沙鹿支會改屬中會直轄，不久即升格為堂會、正式命名為沙鹿教會。

 主後1980年教會在清水鎮西社路59巷19號購買一棟有地下室的三層樓房，做為青少年活動之用。1981年禮拜堂再次整修，重新內部裝潢，教堂周圍空地舖水泥。

1983年再重建圍牆及鐵門。1984年禮拜堂內部地下磨石，使內部換然一新。    

設教迄今120年來，得上帝憐憫、保佑與祝福之下，教會組織尚稱健全，經濟穩定，事工推行正常，聚會人數平平期待，教勢漸漸興旺，願榮耀歸於主。

其他事蹟，於主後1946年 1947年；1957年1960年間曾設幼稚園，教育鎮民子弟，成績頗佳。     主後1962年以後，約10年之間，本會未聘專任傳教牧會，教會顯得平淡。主後1971年，高集禮牧師就任本堂牧師，主後1974年6月高牧師離任，同年10月陳輝雄牧師就任本堂牧師，1988年10月16日聘宋元信牧師，1991年10月1日聘王宗白牧師，2001年9月23日離任。   2002年8月1日起聘陳崇銘傳道師並於10月27日就任本會第十任牧師，開拓新事工，聖誕節社區音樂會、復活節社區發彩蛋、母親節社區健康檢查、週末兒童營；且積極處理本會源自1936年與教會鄰舍土地交換未登記之糾紛，與設教110週年紀念特刊。

現土地交換登記業經2007年清水鎮公所調解委員會調解成立，且蒙受上帝恩典，藉由政府法令可減免土地增值稅高達272萬，讓教會得以在2009年開始籌備建堂計畫。

2015年，清水教會設教120週年，一切榮光歸上帝。