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主後1909年有斗六教會熱心信徒吳捷陞先生(又名吳連，即吳天賜牧師之令尊)在南投街開設照相館。當時有基督徒陳烏番、邱扁、唐春和、張清秀、林氐教、李氐摘、賴永枝等在南投謀生；於主日連袂往大庄或草屯禮拜。惟往返需時，諸感不便，乃由吳捷陞先生自動將所租店舖供作集會所之用，(地址在仁和里復興路西旁，即現在衛生所東邊) 以利聚會講道；由此「一芥菜子」之福音種子，落在南投地方，萌芽長大，呈現曙光。
一、 佈道所時期：(1909年～1924年)
1909年春，由吳捷陞先生等將南投應設立佈道所之情由，託草屯教會向 英教師會申請；於同年5月26日正式在南投設立佈道所。由大庄、草屯、員 林、社頭、二水等五教會傳教師輪流來南投主持禮拜。經過時間將近二年，吳捷陞先生因事返歸斗六故鄉。當時得到教師會之幫助，以400元價錢購得葉登科房屋為集會所。1912年在當地開設大同醫院的謝斌醫師與屏東的傳道師吳葛的三女吳上忍結婚。由於賢內助的引導，謝醫師全家歸主，鼎力支持教會。全年因市區
計劃變更，房屋拆除，遂遷至三塊厝(三和里)會友邱扁住宅。為時數月，邱宅
遭水災，又遷至下庄仔(現中山公園北邊)租賃民房為集會所。
1913年改文武街(現彰南路三角公園附近)為集會所，並在現在省立南投高教師宿舍附近(仁和里民權街)租賃民房二間為傳教師宿舍。1915年又遷至彰南路244號(即中心診所現址)為集會所，為時十年。
二、 支會時期：(1924年～1927年)
1924年4月草屯教會升格為堂會，將本教會歸屬為其支會。
1922年英宣教師梅甘霧牧師(Campbell N. Moody M.A. D.D.)來南投視察，當時吳天賜傳道就任不久，即擬購地建堂。有人介紹葉某之土地八厘，經梅牧師認為適宜，個人慷慨捐獻1,200元，經吳傳道與葉某接洽，因葉堅持價款為1,500元，結果未成，即將該款存入銀行為定期存款。梅牧師意欲退回該款，惟因存入銀行，只好默認而已。梅牧師因忠誠事主，鞠躬盡粹，積勞成疾返歸英國。
於1925年10月由張瑞東先生介紹彰銀土地約500坪及宿舍將要出賣(該地即現在本教會用地)接洽順利，於10月13日購買完成。地價為1,300元及其他手續費60元共計為1,360元，乃將梅牧師所捐獻之存款及利息一併提領，全數正好是1,360元，不多亦不少，其奇妙情形實出於上帝之旨意，梅牧師在英國獲悉上項消息，非常高興。
三、 堂會時期：(1927年～現在)
1927年10月升格為堂會。同年11月開工興建禮拜堂，至1928年4月落成。1949年2月28日封立謝緯教師為牧師，並就任為本堂副牧師。1960年1月接任本堂第二任牧師。1966年當選為台中中會第36屆議長。1969年當選為台灣基督長老教會總會第16屆議長。1970年6月17日因車禍別世。
1955年18日開設中寮佈道所。1956年3月購買中寮教會現在用地400坪，同年7月興建禮拜堂，12月27日落成。1968年6月16日為響應新世紀宣教運動，與潭南教會締結姊妹教會。1982年6月30日郭叡牧師赴任，8月15日就任為本堂第六任牧師。1983年4月開始推行家庭小組。1987年7月動工興建教育館，1989年8月17日落成，並舉行設教80週年感 恩禮拜。1990年1月1日為司明山教師立牧師聘為本堂副牧師派駐南山教會。
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