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本會創立於民國前11年，即主後1900年4月 8日。主後1900年清明節時，蕭臨先生前往南投掃墓，途中見一老人手執銅鑼，以樹枝插於頸上，老人曰：「上帝失子，遣我而尋之」。
蕭臨先生疑訝難解，細問此老人，乃知為彰化基督教會許傳進長老欲前往南投設教會，因租屋未成，將另覓他處，蕭臨聞言並聽該長老傳述福音後，即心生慕道之，力邀到草屯設教會，表示願意以自己的犁店充做聚會之用。許長老回彰化後，將此事告知梅監務牧師(英國宣教師，與蘭大衛醫師在彰化推動醫療傳道事工)，梅牧師乃於每主日安排兄弟輪流到草屯主持聚會。同年舊曆4月8日，彰化堂會傳道師林學恭、許傳進長老及十餘名會友前來成立草屯佈道所，而蕭臨先生將其犁工場充作禮拜堂，為第一聚會地點，有四年。
1902年至1904年教會漸興盛犁店容納不下，而租李發之屋為第二聚會地點，有九年。1908年至1911年時因教會人數增加，眾信徒提議建新禮拜堂，會友同心出力，得周漏再執事奉獻土地建禮拜堂，1913年完成時為草屯地區最美麗壯觀之建築，為第三聚會地點，長達47年之久。於1927年10月12日聘郭朝成為第一任牧師，傾力牧會，教會內外親睦和諧，眾人愛戴，草屯鎮內大小事務皆力邀郭牧師參與，會友、鎮民誠如一大家庭，有25年之久。
於1958年8月3日於現址奠基興建禮拜堂，1959年5月8日獻堂啟用，並慶祝設教60週年慶。1962年分設芬園基督長老教會，至1976年因信徒外移而停止聚會。又於1984年分設國姓教會，已於1999年升格為堂會。
1909年協助成立南投基督長老教會，1924年成為本會之支會，1927年升格為堂會。1999年6月接洽時任彰化基督教醫院院牧部主任的謝慶祥牧師為第八任牧師，本會並力邀謝牧師來帶領本會進入百週年，協助推動事工，得謝牧師答應，於9月中完成聘牧手續。不料發生921大地震，牧師未到任即參與921大地震（總會設於本會賑災中心）救災工作，配合中會、總會的震災協助，雖於地震災變後，仍於10月17日如期舉行就任禮拜。就任後致力於百週年事工的計劃籌備與推動，得眾長執會友的大力配合，展開慶祝設教百週年系列活動，惟願一切榮耀歸於上帝，盼草屯教會百尺竿頭，更為主作美好見證，也祈求上主賜福所有信徒與草屯鄉親，藉草屯教會使萬民得福。
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