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一九二五年，巴克禮牧師前往埔里，途中經集集時，見該處群羊徘徊，缺乏牧者照料，深感有設立教會之必要。而後田中教會陳新財、許定田、二水教會翁根長老與社頭教會楊世註、蔡及弟諸先生響應巴克禮牧師之提議，於集集街租屋為佈道所，並派吳天賜牧師（南投）、楊金捆（二水）、盧賞（田中）、洪金（竹山）、王倚（北斗）等傳道師輪流負責主日禮拜。不久購進店舖一所，正式定名為集集禮拜堂。 1934年傳道局派洪金先生前來牧養，任職期間深感該堂老舊不堪，地址又不適當。因徵得劉忠堅牧師同意，並於紀溫柔牧師抵集集召開和會時，決議將堂址遷移水里。於1935年五月四日完成禮拜堂一間、宿舍五間。五月十五日信徒終於由集集遷來水里聚會。1960年再購入土地一筆，總共有土地333.8坪（1104平方公尺）。在1962年九月和會決議重建聖堂及牧師館，1963年八月二十日由中會議長郭東榮牧師主持獻堂典禮。本會教育館於1973年落成，為二樓建築物，並再1977年增建為三樓高作為團契活動之用。
在1999年之921大地震中，教堂屋頂瓦片損毀，重新整修，教育館全倒，僅存牧師館屹立不搖。而上主恩典，在大震中祂保守每一位兄姊的生命，而教育館也經規劃，將重建為社區活動可用之『多功能媒體資訊館』，以利上主福音在水里鄉的傳揚。
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