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鹿谷教會是台中中會南投區屬南端之山區教會（海拔約600公尺）。草創時期之前，第一批信徒林雀、張隨、張阿宇、張慎、蔡完皆徒步四、五鐘頭的山路到竹山母會敬拜上帝。因著響應倍加運動與體貼山上路途不便，竹山教會前來鹿谷山區開拓教會。在陳思聰牧師、林雲山長老及幾位熱心信徒鼓勵與促成下，將鹿谷福音異象化為實際行動，首先購置鹿谷鄉鹿谷村小巷中舊碾米廠一座，作為禮拜的聖所。
一九五六年七月五日，中會傳道部宣佈開設佈道所。八月，盧文惠傳道師駐堂教會，同年十月十四日，接納劉金泉等二十一位成人洗禮進教；並同時選舉第一任長執七位共事聖工。一九六二年，胡茂仁傳道師有感於教會之簡陋與偏僻，乃倡建堂運動，遂變賣舊堂並向邱黃杏執事購置現今之會址一四O坪建地建設新堂，於一九六六年舉行獻堂感恩禮拜；一九八O年升格為堂會。
一九八八年於李寬亨囑托傳道的努力下進行聖殿重建，經兩年竣工，於一九九一年適逢設教三十五週年並同時進行獻堂感恩禮拜。一九九四年教會第一任牧師吳志和牧師離任時，正是教會最為艱困時期，教會無存款且負債，當時已由鹿谷國中退休的李寬亨老師毅然接受長執兄姐的託負，再次成為鹿谷教會囑託傳道師，共體時艱的擔負起教會的牧養工作及財政缺口，李寬亨牧師是鹿谷教會關鍵時期上帝所預備良善的工人，使教會福音的火繼續傳遞而不中斷。
一九九九年，逢921集集地震，教堂遭受嚴重毀壞。感謝主的眷顧與各教會的關心、奉獻，在周嶸傳道師的努力下使聖堂得以修整，並於二○○○年成立鹿谷關懷站，聘請張彩蘋姐妹與張彩雪執事為關懷站幹事，雖關懷站在二○○六年時因經費問題結束階段性工作，但運作的六年間，在教會同工的努力下，在地方上成就美好的事工。
二○○五年陳武璋牧師就任鹿谷教會第二任牧師，為鹿谷教會開創新局。二○○七年莊頌偉傳道師派任鹿谷，並於二○一○年按立牧者且就任鹿谷教會第三任牧師迄今。二○一六年為慶祝六十週年，與鹿谷眾教派浸信會、協同會與衛理公會聯合慶祝「福音入谷六十年」，除邀請昔日牧者返家證道，更舉辦聯合禮拜以合一榮耀主名。
感謝上帝保守，雖在許多方面教會常遇不足，但豐盛的上帝無時不刻的補足教會的欠缺，讓上帝國的事工得以豐富美滿。
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