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主後1955年德國信義會宣教師郁德凱牧師在魚池開始佈道事工。翌年由德國婦女祈禱會宣教師貝德芬教士和謝存慈教士接棒。並開始租屋禮拜,並向協同會聖經書院申請實習生協助。後因貝德芬教士開辦山地伯特利聖經書院,魚池教會事工交謝存慈教士負責,並連絡埔里基督長老教會協助,開辦幼稚園,聘請中台聖經書院畢業生蘇小姐負責教會事工。
1961年8月長老會傳道處正式派宣導師張坤國先生駐堂牧養教會,1962年並得德國婦女祈禱會資助新台幣五萬元,及埔里教會補助不足額,完成聖殿的建造,於同年11月1日獻堂。1984年元月起至1989年8月由王耀宗執事負責教會事工。1990年8月份起由黃禮恩傳道師駐堂至1991年8月份。1991年9月起至1998年7月份,教會幾乎關閉。
1998年母會埔里教會牧師穆得昌極力摧生之下,教會開始修建工程,魚池教會於1998年8月2日舉行再開設暨周信榮傳道師就任感恩禮拜。禮拜堂、宿舍、與週圍修建總工程費二百卅萬元,皆由母會全額補助。於同年11月22日舉行修建落成感恩禮拜,並同時成立魚池社區成長學園,展開社區宣教新的一頁。
1999年9月21日凌晨1點47分，台灣中部發生世紀大地震，南投縣、台中縣遭受極大創傷。台灣基督長老教會於災區設立工作站進行救援工作，之後轉型成社區重建關懷站，持續災後關懷及心靈重建事工。又台南神學院於10月中旬派遣工作隊，進入受創嚴重的魚池鄉偏遠山區進行心靈重建、宣揚福音的事工。
魚池921社區重建關懷站在這事工基礎上，於2000年3月設立，並承接南投縣魚池社區家庭支援中心業務。隔年2000年三月26日本會承辦「魚池社區家庭支援中心」及「魚池社區重建關懷站」舉行開幕典禮。2000年八月13日由林旻凱傳道師就任感恩禮拜計需推展魚池教會事工。
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