南崗教會是南投市北部地區第一間教會，肩負社區、工業區宣教重任，2013年10月20日舉行開拓感恩禮拜，南崗教會正式設立。
南崗教會是台中中會南投教會所開拓，2009年南投教會慶祝設教101週年產生開拓教會的異象，決定地點為南投市北邊的南崗地區，定名為南崗教會。
2015年南崗教會升格堂會，4月12日下午3點，舉行南崗教會申請升格堂會暨第一任牧師謝孟勇傳道師封牧授職禮拜。
南崗地區主要範圍為南崗工業區，有許多外縣市移入的藍領及東南亞移工居住，但沒有教會可以提供牧養，南投教會捨棄會友較多的名間鄉，在更有需要的南崗開拓，突顯南崗教會的重要。
