新水教會最早的信仰前輩，乃是林爐、林乞、林要三人，當時他們三人皆於溪湖教會禮拜。1949年 6月 5日溪湖教會分設萬興教會，隨後此三位信仰老前輩乃遷到萬興教會聚會。
但經過一段時日，他們的信仰逐漸冷淡，一日林爐先生的舌頭不知何故腫脹，乃要求母會萬興教會謝天足長老前來禱告，但恢復後依然故我，未見其熱心事奉主。此事使他痊癒後信仰覺醒，經常邀謝天足長老前來教導白話字。當時已有四、五戶出入萬興教會禮拜，因走路到萬興要費時一個鐘頭，且涉足過小溪交通極為不便。故林爐先生乃與謝天足長老、林加再先生四處尋找購買土地，以便興建教會。
1959年八月購得現在土地的中段約五厘，緊接著12月24日大家到溪底打撈砂石合力建完成，是日由中會牧師前來主持開設禮拜，新水教會與第一期土地終於在前人奮鬥努力之下建立起來，過2年再購得現址的前段及後段(即現今的牧師館)，並於1983年於盧世昌(當時的神學生)先生在任時建牧師館第一樓。
1983年8月，中會派首任蕭文政傳道師駐牧本會。1985年8月第二任陳賢豪傳道師駐任。1986年8月秋季議會接納通過昇格堂會，10月25日正式昇格為堂會。1987年6月完成牧師館2樓，同年10月25日聘陳賢豪教師為本會首任牧師。
1996年5月於劉德行牧師任內期間大力整修教會禮拜堂教勢振興，並於2000年日月22日，在林天數牧師的贊助下擴建本會講台。
