‧王功教會設立初期

  王功教會最初是由吳金古長老（即吳文蹄長老令先父亦是吳媽義長老，吳恩賜長老令先祖父）首先對王長勝先生與高長長老（高俊明牧師之祖父）來王功廟口佈道獲信後漸漸擴展。初期每禮拜日早上必須走五公里路，涉水經芳苑溪到番挖（今芳苑）做禮拜。早期的會友都是步行來禮拜，大家都很熱心守禮拜且甘之如飴。

　1947年6月10 日由芳苑堂會分設王功支會，於王功民生村芳漢路1號聚會。同時從芳苑堂會轉移許篤如、吳文蹄兩位長老，洪清榮、黃媽看、吳媽義、黃著等為本支會執事，並許乃宣牧師與許篤如、吳文蹄兩位長老協助主持會務,牧養主羊群。1949年2月8日與母會芳苑教會合併，由謝慶裕牧師牧養信徒。

1949年8月21日聘請謝慶裕為王功教會首任牧師，同年8月28日決定興建禮拜堂（現在的地址），由許敏長老捐獻一筆土地（地號907之2）會友同心協力，有的出力做工。謝慶裕牧師帶著吳文蹄長老全臺灣募捐，新堂於1951年2月竣工，5月舉行獻堂。

‧教會逐步發展 開拓新教會

1950年9月17日改選長執，長老二名：吳文蹄、許篤如與執事四名。1951年7月1日獨立聘請謝慶裕牧師牧會，謝牧師娘兼做產婆幫助農村產婦，很多產婦得蒙幫助，會友急速增加。1957年12月25日分設草湖教會，為教會發展需要增購右鄰之地（914之2、914之9、914之10），1961年6月10日植堂育英教會。1961年9月28日陳信行牧師到任，1965年興建牧師館。1967年8月傳道局派胡茂仁傳道到任，同年締結瑞岩為姐妹教會。1973年7月曾信源傳道到任，1974年聘牧監選通過。1975年8月鐘澄霖傳道到任，1975年5月2日於芳苑鄉新寶村開拓仁愛教會。1976年7月盧文惠傳道到任，1980年聘牧監選通過。1981年6月28日會員大會通過建堂經費280萬元，由主力建設公司承包，籌建新的禮拜堂，1983年12月25日由彰化中會議長李義雄主持獻堂禮拜。以後陸續改造外面圍牆, 增建牧師館。

‧王功教會活化再出發

1997年12月28日舉行五十週年慶典暨盧文惠牧師盡程退休感恩禮拜。1998年8月李玉霞牧師就任，努力將教會四筆土地回復到「財團法人臺灣基督長老教會」名下，並完成一筆土地分割與土地免稅。1999起每年暑假辦夏令營與社區有良好互動。教會組織也漸活化。2007年11月25日舉行設教60週年慶典感恩禮拜，李玉霞牧師於2014年底退休。

2015年8月1日鄭信安傳道師派駐王功教會，持續牧會，推動宣教事工。

‧王功教會歷任牧者

謝慶裕        牧師        1949.2～1960 （第一任）

陳信行        牧師        1961.9～1967.7 （第二任）

胡茂仁        傳道師     1967.8～1972.7

曾信源        牧師        1973.7～1975.7 （第三任）

鐘澄霖        傳道師     1975.8～1976.6

盧文惠        牧師        1976.7～1997.12（第四任）

李玉霞        牧師        1998.8～2014.12.31（第五任）

鄭信安        傳道師     2015.8～