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1895年宣教師梅鑒霧（Rev. Campbell N. Moody）、廉德烈牧師（Rev. A. B. Nielson M. A.）、蘭大衛醫生（Dr. David Landsbrough M. A. M. B.）三人來台宣教，到各地方傳道與醫療，在舊名丈八斗的地方，設丈八斗（原斗）教會，然後丈八斗教會之傳道黃作邦先生及長執，常與梅鑒霧牧師來番仔挖（現今之芳苑）佈道。當時有一婦女患精神異常，往丈八斗教會得眾人祈禱而痊癒，就有了第一代信徒數名，他們每主日步行到丈八斗（原斗）教會作禮拜，教會之傳道者也常到芳苑地區佈道及栽培信徒，日見增加，便於1899年9月16日在北斗郡沙山庄沙山616番地社立番仔挖基督講義所，為竹造房屋。
於1939年11月12日召開和會贊成申請昇格堂會逐經台中中會（當時彰化中會尚未成立），.於1940年6月16日宣佈昇格堂會。並在1941年3月9日邀請台中中會中委前來監選許乃萱牧師，並一致通過，成為本堂會第一任牧師。
1942年9月27日購買沙山段地號第517之9及517之4號（斗苑路現址）建殿，由埔里教會木料讓渡本會，建造為一木造殿堂，定1943年10月13日獻堂感恩禮拜。
1946年10月27日颱風吹倒聖殿，永興橋斷，造成王功地區信徒交通不便，要求分設教會，1947年1月12日重建聖殿為磚造，而且因地名變更改名為芳苑教會，並在1947年2月9日分設王功教會，並設立長執。
1962年5月15日再改建為現今之禮拜堂，1962年10月30日完工，1969年7月4日獻堂感恩禮拜，其間紀明申牧師帶領，引導信徒親手參與建造為一美好見證。1980年5月25日假台北中會大橋教會創立芳苑僑聯誼，首任會長為林宗料長老，來繼續關心外出打拼的芳苑僑，堅持信仰，蒙主祝福。
1985年9月16日慶祝設教85週年，重新粉刷及裝璜講台，並舉行慶祝活動。
1999年7月1日本會決定購買百週年紀念福音車，並且整頓教會廚房、廁所、車庫、植樹及重新粉刷油漆，來迎接慶祝百週年的大日子，最令人高興的莫過於眾信徒出錢出力，同心合意來整頓關心聖殿事工，有一股凝聚的力量為主圖謀事工，願在主的靈運行，引導咱進入一個新紀元時代，是復興又復興，阿們！
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