圳頭坑的信徒是在1900年左右由龍潭南遷的客家人組成。原只有有鍾連昌夫婦攜帶七子三女南來定居，爾後堂弟鍾連石也南下經同宗傳授福音，每主日必須徒步至十四公里外的斗六教會禮拜。並於1949年開始派神學生前往圳頭坑舉辦暑期傳道。直到1965年5月27日董群家牧師在圳頭坑舉行開設禮拜，並向中會稟請，29年來均維持佈道所的型態。由於青年大量外出就學、就業，教會極難維持。1986年7月獲得母會李聰顯牧師差派李玉霞牧師前來駐堂。
1994年7月11日嘉義中會第六十四屆秋季議會通過升格為支會。隔年1月23日第六十五屆春季議會正是升格為堂會，隨後在月23日監選李玉霞牧師為本會首任牧師。1999年開始由神學生在本會牧會實習。
