主後1950年9月，來自高雄新興教會之彭清約長老，鑑於斗南位居縱貫交通要衝，且為雲林縣五大鎮之一，是有設立教會之必要，故熱心傳道，並與原斗南地區之一部份信徒及嘉中傳道部諸位長輩同心努力，於1951年3月21日在斗南沈祁安先生家正式設立聚會所，此後，會友同心教會事工，遂於1957年購買禮拜堂用地，並於同年12月正式申請升格為堂會。

　　1958年初，長執會鑑於現有會址不適興建未來禮拜堂，故決另覓新址，尋得省道縱貫路旁之一片約四百餘坪土地，經舊地賣出及得PKU補助，及內外信徒關心奉獻，共得十三萬五千元，於1958年2月12日由中會議長江進發牧師主持獻堂禮拜，此會堂之完成，讓斗南教會能於該地拓展事工約卅餘年，在該處通過歷任牧者之辛勤耕耘及會友同心努力，曾創辦過符合當時社區需要的合唱團、互助社及幼稚園，來服務鎮民，且因品質佳成員好，留給鎮民深刻而美好的印象。

　　1988年5月8日小會及5月21日信徒大會議決認同原址前段土地被徵收，又日後縱貫路汔車快速增多，雜音困擾禮拜之安寧，行駛此段車輛均超速、超外線致交通紊亂，出入禮拜堂之兄姊尤其年長者，常致車禍非常危險。又因省道的路面不斷?高，相對的教會地勢處於低窪，每到雨期排水困難，浸水二台尺嚴重侵害教會文物及信徒的安，以上兩大要害，眼看歷年來就地無法決，越來越嚴重。因此，從長遠計劃及深思祈禱中，大會議決小會提案，巧合有原劉鎮長別墅的歐風庭園餐廳有六一三坪面向三面路地段環境優美，鬧中取靜，每坪六萬五千元要出售。先買後賣，同時進行，雖然面對極度艱難及危險，但是有上帝的聲音「細心膽大的進行」又牧師長執的同心一志及有朋友的協助毅然的著手積極進行。以賣清買清的方式：原址三八一坪，每坪賣清拾萬元，可賣三千八十萬元。現新址六一三坪每坪土地六萬元及建物手續等總金額：三千七百八十八萬元正，剛好可以對換買賣。

　　感謝主的大恩典，我們原址、新址的買賣，經小會、信徒大會、中委會、中會、財團法人董事會、民政廳、內政部等及中間經歷許許多多的波折、困苦、容忍、掙扎，足足十個月的時間，終於在1990年3月1日似有神蹟一般完成了所有買賣手續及找清的的工作。

　　並同同年5月20日舉行聖殿奉獻暨設教40週年感恩禮拜，1997年秋季，全體長執鑒於聚會人數增加及會堂本身多處”龜裂”，每逢下雨，大漏小漏不?，故決議大力整建教會，當時，教會內只有新樓存款廿八萬餘元，全體會友在長執同心呼籲之下，努力奉獻，歷經二年三階段的整建，共花費肆佰陸拾餘萬元，於1999年4月底元工，所有借貸也於同年12月清償完畢，並於母親節當日舉行感恩見證晚會，見證：信徒若存謙卑的心，與主同行”，則主必賜福到足夠。

　　明年，公元2001年的三月是本會迎接50禧年之日，全體長執及會友同心準備，致力福音工，期待能有100顆果子獻給至高之神。