1957年2月3日教會由西螺教會分設，開始在本鄉中山路158號，謝新發長老的房屋聚會。但推溯本地信徒的開基該是一百多年前，因水災由二水遷居到本鄉莿桐村新莊定居的謝姓家族林英女士。她首先接受福音歸主，在民智未開的鄉里壓迫下，仍堅守純正的信仰，盡心培養後代的信仰，引導他們到西螺教會禮拜，才有今日莿桐地區的基本信徒。

　　1957年為響應倍加運動，由謝源、謝文、謝新發、林讚、林異、鐘福平、廖主護長老發起分設教會於本鄉。一開始在謝新發長老房屋聚會，因信徒的同心合意，不久即購得本為舊龍宮酒家的約八百坪的土地，同年5月23日由中會舉行開幕禮拜。

　　開幕的同年9月台南神學院實習生卜茂仁先生受至本教會，他攜同新婚夫人陳美容女士到任服事。第二年卜先生畢業，正式受總會派任為本教會傳道師。由卜先生至卜傳道至卜牧師，前後40年都在莿桐教會牧會。雖有兩次因故離任，但不久又再回莿桐教會，任內甚得人和，在教會及社會均受敬重，最後在1997年9月圓滿的在本會退休。離任期間兩任傳道人是陳哲男宣道師和王梓超牧師，其中王牧師4月7個月任內致力於文字及青年工作，至今仍留下不少有價值資料和影響。

　　1997年10月新任牧師張學章上任，是一壯年牧師，在帶領活動及靈命更新操練方面甚有心得，希望莿桐教會在新人的帶領下，能有新的氣象和突破。