本會設立於主後1911年，由新港教會分設，當時地方人士反對甚烈，經甘為霖牧師與日本官廳交涉，始准予在北港設立傳教所，獲准後在現在大同路租借信佛教的「菜姑」厝作禮拜堂，後來這位「菜姑」改信基督教。翌年有賣聖經的胡古先生駐會傳福音六個月，繼之新港教會徐祥執事駐會工作；盡力宣揚福音，1914年大舉佈道，由各地傳教師輪流講道，不幸遭群眾圍攻，佈道中途停頓，但蒙主恩，信徒日增。

　　1925年南部大會鑒於北港地區宗教環境特殊，亟而籌劃募捐建堂，得英國教士會贊助及信徒的奉獻，於同年向許頂長老地建堂及宿舍（即大同路舊禮拜），1942年經嘉義中會第十三次會議通過核准本會升格為堂會。

　　1945年第二次世界大戰結束，留在北港市區佔地七百餘坪的日本佛寺，成為眾所爭取之地的時候，大家靠信心祈禱，使賴炳烔牧師運用各層社會關係，得申請租用權，於是交涉現住人遷讓，蒙主眷顧，使佛寺變教堂。以當時的經濟能力，在北港建造一理想的聖殿，確屬難事，只有靠信心。在賴牧師奔走籌募經費，就這樣在萬難中得上主因惠及各地兄姊鼎力助，才完成此一宏偉聖殿。