主後1961年，水林地區教會信徒每星期日到北港參加崇拜，風雨無阻，極為感人。在北港教會任職的吳反長老，極力向北港教會鍾瑞能牧師及長執建議，在水林設立佈道所，一方面免去水林地區信徒跋涉之苦，另方面可以在水林地區廣傳福音，於是在1961年4月25日於水林街上承租房屋，由鍾瑞能牧師主領開設禮拜，之後由長執輪流主領崇拜。1962年8月李文虎長老鑒於信徒增多，教會需擁有自己的崇拜地方，因而捐獻約八十坪土地做為建立教堂使用，美輪美奐的禮拜堂於隔年1963年3月1日竣工，獻在神的面前。教會前後歷經葉文惠傳道、賴瑞成牧師、施金寶牧師、陳重光牧師、蔡哲雄老師等傳道人努力將福音在水林地區傳揚。

1998年10月2日李文虎長老之女，李國珠及李中珠對教會提出歸還土地告訴，在缺乏捐贈文件及其他佐證證明下，法界人士皆認為訴訟判決對教會不利，然而，上帝卻將不可能化做可能，最終高等法院判定教會在原址有永久使用權。

2010年12月因教會空間需要購置東昇街10號的透天厝做為社區宣教中心暨牧師館。

2011年4月25日，教會50週年時升格自治堂會暨莊信仁傳道就任教會第一任牧師。

2015年9月，教會因為建物老舊而進行整修，地主出面阻撓教會整修，致使教會整修停擺，經多次協調溝通未果，為了教會未來聚會場地能不再受限制，於2015年11月29日召開臨時會員和會，決議另行購地建堂，並委託本會弟兄 羅仕哲設計師做建堂整體規劃。

2016年8月9日教會接到雲林縣政府建設處拆除通知書，欲拆除教會後方重新換置屋頂之教室，幸蒙陳業鑫律師協助向內政部訴願委員會提起訴願；並於2016年11月21日獲得內政部訴願委員會的回覆撤銷拆除處分；2017年4月26日縣政府建設處回文，教會舊堂整修施工查無不法，僅為修繕行為，無須取得執照。

2017年2月26日下午三點，於教會新堂會址舉行定礎式感恩禮拜，在上帝豐盛的恩典帶領中，教會新堂建築於2018年12月完成施作，2019年2月取得使用執照，預計2021年4月24日教會設教60週年時舉辦獻堂感恩禮拜，期盼新的禮拜堂能成為福音最美的據點，讓更多社區的朋友因此得福